エックスのアジトで、冷酷に変わり果てた来美に再会した結月。来美はエックス内で、病に伏せるリーダー･郷田 (栗田芳宏) の主治医となっていた。そんな中、薬が不足し郷田に生命の危機が。シンジから薬のありかを聞き出したエックスたちは研究施設を目指す。一方、負傷した響は、等々力の力を借りてエックスのアジトに向かっていたが、再び信者たちに捕まってしまう。教団は、エックスより先に薬を手に入れる為、響たちを研究施設に向かわせる。等々力の無事を願う佳奈恵は、自分を置いて逃げるよう告げるが……。素直になれない等々力と佳奈恵に別れの時が……!? そして、ワンティーティの体にはある異変が現れ始める。