Nikita hat sich nach der durch Operations und Madeline angeordneten Gehirnwäsche zur perfekten Sektionsangehörigen entwickelt.
Sie wird durch überhaupt nichts mehr beeinflusst - nicht einmal ihr eigenes Gewissen. Sie ist emotionslos, kämpft ohne Gewissen, lächelt fast nie und vorallem gegenüber Michael ist sie gefühlslos. Die Gehirnwäsche war so wirkungsvoll dass sogar Madeline und Operations ihr schon Tipps geben, wie sich sich menschlicher verhalten soll...
Michael, der befürchtet, dass dieser Vorgang bei jedem Sektionsmitglied angewandt werden könnte, macht sich auf die Suche nach dem mysteriösen Gelman, dem Erfinder dieser Gehirnwäsche. Doch als Operations von Michaels Suche erfährt, gibt er den Befehl zu Michaels Beseitigung - an Nikita...
Nikita continues to show evidence of the "reprogramming," including ordering the elimination of a captured Section operative and endangering the lives of children during a mission, and taking part in the beatings of a captive. Michael is determined to reverse Nikita's reprogramming, and he soon determines that the former Section operative who came up with the "reprogramming" process, Ross Gelman, may be the key. Meanwhile, Operations couldn't be more proud of the "new" Nikita, but Madeline is still worried. Eventually, Operations concludes that Michael's attempts at restoring Nikita have gone too far, and takes extreme measures.
Nikita continue de montrer des preuves d'une "reprogrammation", notamment à travers l'ordre d'éliminer un agent capturé de la Section, la mise en danger d'enfants pendant une mission et la torture d'un prisonnier. Michael est décidé à retourner la reprogrammation de Nikita et il se rend bientôt compte que l'ancien agent de la Section qui a inventé le processus, Ross Gelman, pourrait être la clé. Pendant ce temps, Operations est extrêmement fier de cette "nouvelle" Nikita mais Madeline s'inquiète
В конце 3 сезона Шеф и Мэдлин подвергли Никуту спец. "обработке" с целью стереть из ее сознания все чувства, в том числе и по отношению к Майклу, чтобы таким образом, иметь возможность держать их обоих под строгим контролем. Никита становится "совершенным оперативником", на которого ничто ни в силах оказать влияние, даже собственное сознание. Майкл, в страхе, что все в Отделе будут подвергнуты подобной "обработке", пытается разыскать человека, создавшего эту методику промывания мозгов. Шеф узнает о поисках Майкла и отдает приказ о его ликвидации.
Operations y Madeline le han lavado el cerebro a Nikita. Por medio de un proceso inventado por un tal Gelman, Nikita se ha vuelto la agente perfecta, sin sentimientos, sin miedos, y sobre todo, sin amor a Michael; lo que la hace la agente perfecta, una máquina hecha para matar.
La única salvación para Nikita es Michael, quien tratará por todos los medios de regresarla a la normalidad, aunque por esto pueda ser cancelado.
Nikita continua a mostrare evidenti segni della riprogrammazione soprattutto durante una missione in cui rischiano di morire tanti bimbi innocenti. Michael è determinato a “curare” Nikita e prende contatti con Ross Gelman, l'inventore di questo progetto che è stato usato sulla ragazza. Operations è abbastanza orgoglioso di questa nuova Nikita, Madeleine invece si dichiara preoccupata, conosce la capacità di fingere di Nikita e soprattutto la caparbietà di Michael. Operations decide quindi di usare misure estreme...