En 1375, la Commanderie d'Assier, ferme fortifiée située sur les Terres de Bourgogne, représente le dernier espoir d'une population victime de la guerre et de la peste noire. Cet ancien fief des Templiers, sur la route de Compostelle, a été cédée par le roi à l'ordre des Hospitaliers de Saint-Jean-de-Jérusalem. L'ordre rassemble des chevaliers, à la fois moines et soldats, qui viennent en aide à quiconque demande l'asile. Un jour, Hugues d'Avène, haut dignitaire de l'ordre des Hospitaliers, arrive à la Commanderie pour inspecter les lieux. Thomas Cortemain et Géraud de Castanet, les percepteurs, peuvent s'inquiéter. Ils ont profité de leur statut pour détourner une partie des impôts. Alors qu'ils craignent d'être découverts, Thomas croit reconnaître un ancien amour de jeunesse...
Roger de Neuville prend la défense de Géraud. De son côté, Thomas a découvert la véritable raison de la venue d'Hugues d'Avène à la Commanderie. L'ordre des Hospitaliers s'est en effet lancé à la recherche du trésor des Templiers. Thomas lui propose son aide en échange de sa liberté. Pendant ce temps, la vie quotidienne à la Commanderie se poursuit. Reconnu responsable de désordres dans le village, un cheval passe en jugement...
Françoise Marty, une habitante du village, se présente à la Commanderie, son bébé mort-né dans les bras. L'enfant s'est éteint avant d'avoir pu être baptisé. Frère Pons soupçonne la jeune femme d'avoir elle-même tué son bébé. Hugues et Thomas poursuivent leurs recherches sur le trésor des Templiers...
Lors d’une procession, les villageois subissent la violence du Breton et de sa troupe de mercenaires. Géraud décide de leur porter secours … Alors qu’il approche trop de la vérité, Hughes d’Avène est sauvagement assassiné...
L’enterrement d’Hugues d’Avène est interrompu par l’arrivée du duc d’Anjou, qui exige qu’on lui livre sans tarder l’assassin de son ami.Pendant ce temps, Géraud convainc un paysan, Paziol, de quitter les terres de l’évêché pour s’installer à La Commanderie qui manque de bras...
Thomas, déterminé à délivrer Constance d'une mission qui la mènera au bûcher, décide d'obéir à Anjou pour retrouver le trésor du Temple. Arrive à la Commanderie un homme qui dit s'appeler Mathieu et être le mari d'une des lavandières. Mais personne ne le reconnaît, même pas sa femme Catherine, qui s'est remariée avec le plus riche des paysans d'Assier. Mathieu est-il un imposteur ?
Géraud se découvre irrésistiblement attiré par un jeune manouvrier de la Commanderie. Pour contrer le démon, il mortifie sa chair. Après l’assassinat de Geoffroy de Montet, Thomas et Elias découvrent enfin l’emplacement du trésor. Alors qu’ils s’apprêtent à ouvrir les coffres, Constance se dresse devant eux…
Géraud cède aux avances du jeune manouvrier et devient à moitié fou. Cédant sous la torture, Constance consent enfin à conduire Anjou au véritable emplacement du trésor du temple. A moins qu’il ne s’agisse une fois de plus d’une ruse…. ?
