10 years have passed since the last episode of TV series, Sidonia's crew have carefully prepared for the big war with non-interactive creature, Gauna, in order to settle in the planet seven in Lem star system. The ace of aces Nagate comes to love Tsumugi dearly. However, the malice of an old scientist lurking in a guy changes the entire situation.
Diez años tras la batalla por el planeta IX, los habitantes de Sidonia se han preparado minuciosamente para la batalla final contra los enjambres de Gauna que pueblan el sistema Lem, con el objetivo de exterminarlos y colonizar el planeta VII, que según la información que tienen es habitable. Durante este tiempo, la nave colonial ha disfrutado de una relativa calma, protegida de los Gauna a la sombra del planeta IX, pero la situación está a punto de cambiar...
