“Faniler” isimli tarikatın dairesinde yaşayan Meryem, Naim ve kızları Zeynep memleketlerinde yaşanan depremden sonra İstanbul’a göç ederler. Kızını okutma hayalleri kuran Meryem, tarikatın ve Naim’in kızına dair yaptıkları planlardan habersizdir. Adli bir vaka sonucu, tarikat şeyhinin gözde torunu Cüneyd’le, seküler Atatürkçü bir psikiyatr olan Levent’in yolu kesişir. Mecburi hizmet yıllarından Faniler’i tanıyan Levent, bir yandan Cüneyd’e yardım edebilmek tarikatın tutucu bakış açısıyla mücadele edecek, diğer yandan özel hayatının çalkantılarıyla boğuşacaktır. Levent ve Meryem’in bilmeden geçmişten getirdiği sır, herkesin hayatını değiştirecek kudrettedir.
Levent ve Meryem’in tanışması birbirine zıt iki dünyanın çarpışmasına sebebiyet verirken, kardeş olduklarını bilmeyen iki kızın, her karşılaşmada yeni bir itişme yaşamasına zemin hazırlar. Börekçide Meryem ve İdris Efendi arasında yaşanan gerilim Sadi Hüdayi ve Hasna’nın hiç beklemediği gelişmelere sebep olur ve tekkenin içinde bomba etkisi yaratır. Levent, Cüneyd’in travmalarına sebep olan geçmişteki sırlarını fark etmeye başlar. Annesi ortadan aniden kaybolan Mira ise, hatalarına bir yenisini ekler. Zeynep’in küçük yaşta evlendirileceğini öğrenen Levent ise, Meryem’i geri dönülemez bir yola sokacaktır.
Levent’in Zeynep’i kurtarma girişimi hiç beklemediği bir yerden engellenir. Kızının okuması için hayaller kuran Meryem, Naim’in ve tarikatın kızı Zeynep’e dair yaptıkları planı öğrenmiştir. Naim, tarikatın içinde yükselme hesapları yaparken Meryem kızını kurtarmak peşindedir. Cüneyd’in gelgitli halleri ise amcası Sadi Hüdayi’yi düşündürmektedir. Onun ve tarikatın geleceği için düşündükleri planı bir an önce hayata geçirmeye niyetlidir. Eşi Hasna ve kızı Feyza’nın başka planları vardır. Mira, babasına olan öfkesinin artmasıyla başını çok daha büyük belalara sokar.
Cüneyd ve Zeynep’e evlilik yolunda dergâhta bir tören düzenlenir. Törende, beklenmedik biçimde, Meryem de kızının evliliğine onay verir. Çünkü Meryem ve Levent’in başka planları vardır. Zaman kazanma peşinde olan Meryem ve Levent, Suavi’nin yardımıyla Zeynep’i yurtdışına okumaya göndermeye çalışır ama bunun için Zeynep’in çok zor bir soruya cevap vermesi gerekecektir. Cüneyd, Zeynep’le yeni bir geleceğe yürüdüğünü zannederken, geçmişin hayaletleri onun peşini bırakmayacaktır.
Levent ve Meryem’in Zeynep’i yurt dışına çıkarma çabaları devam ederken Suavi’nin yaşadığı kaza her şeyi alt üst eder. Cüneyd’in buhranlı haline, Sadi Hüdayi hep beraber pikniğe gitme çaresi bulur. Piknikte Cüneyd’le Zeynep arasında ikisinin de beklemediği olaylar yaşanır. Levent ve kardeşi Hande hastanedeki babaları Suavi’yle iç hesaplaşmaya girişirler. Mira ise Can’la başını büyük bir belaya sokmak üzeredir. Meryem, Levent’in evini sıcak bir yuvaya dönüştürmektedir belki, ama buna tahammülü olmayanların gözü üzerlerindedir.
Suavi ve Levent, Zeynep’i göndermenin önündeki engelleri kaldırmaya çalışırken Levent’le görüşmek isteyen Cüneyd, Suavi’nin hastalığını öğrenir. Cüneyd ve Sadi dergahtakileri yanına alarak sürpriz bir hasta ziyareti yapmaya karar verirler. Bu ziyaret Müyesser’e Levent ve Meryem’le ilgili şüphelerinin peşine düşme fırsatı verecektir. Öte yandan Can yüzünden başı dertten kurtulmasa da annesinin yokluğuna alışmaya başlayan Mira’yı tam da doğum gününde yeni bir şok beklemektedir. Zeynep’i kıskanan Feyza ise Cüneyd’i Zeynep’e düşman etmek bir oyuna girişir. Duyduklarıyla sarsılan Cüneyd hesap sormak için Zeynep’in karşısına çıkarken Levent’in tüm çabasına rağmen Müyesser de Meryem’in sırrını öğrenir. Tam kaçış umutlarının yeşerdiği anda köşeye sıkışan Meryem ve Zeynep, artık korkunç bir sonla karşı karşıyadır.
Müyesser’in köşeye sıkıştırdığı Meryem, inandıklarıyla kızı arasında bir seçim yapmak zorunda kalır. Tek kurtuluş, Levent’le yaptıkları yurt dışı planının işlemesidir. Ancak önce Cüneyd’in kaçırdığı Zeynep’e ulaşmak zorundadırlar. Zeynep yüzünden Sadi Hüdayi ile karşı karşıya gelen Naim, teselliyi kollarında aradığı Nadire’nin aklına uyup ortalığı daha çok karıştırırken geri dönme yolları arayan Beste de ailesini bıraktığı gibi bulamaz. Hem Cüneyd ile hem de Hande ve Birgül’le uğraşmak zorunda kalan Sadi Hüdayi ise, yeğeninin tarikat mensupları üzerindeki gücüne şahit olur. Levent’in bütün aksiliklere rağmen ayarladığı kaçma vakti geldiğinde ise Meryem ve Zeynep hayatlarının en zor seçimiyle karşı karşıya kalırlar.
Zeynep’i göndermek üzere olan Levent, ani bir haberle köşeye sıkışınca kızıyla Zeynep’in kaderi arasında bir seçim yapmak zorunda kalır. Öte yandan Naim, bir iş çevirdiğinden emin olduğu Meryem’i Zeynep’le sınamaya kalkışır. Zeynep’in yurtdışına kaçamayışı, Cüneyd’den de kaçamayışı anlamına gelecektir. Dergah ikili bir için yeni bir karar alır. Ancak Meryem’in kızını kaderine terk etmeye niyeti yoktur. Meryem, son çare olarak çok tehlikeli bir oyuna kalkışır. Bu yolda Meryem’e, onu bir tehdit olarak görmeye başlayan Beste yardım edecektir. Ancak ikilinin Levent’ten habersiz giriştiği bu macera, Meryem ve Zeynep’i ölümle yüz yüze getirir.
Ölümle burun buruna kalan Meryem ve Zeynep kaçmayı başaramayınca çaresiz dergaha dönmek zorunda kalırlar. Ancak döndüğünde Zeynep’i, aynı çatı altında Cüneyd’e eş olmanın zorlukları beklemektedir. Zeynep konusunda kendini suçlayan Suavi’nin ötanazi işlemlerini başlatmak için kullanabileceğini düşündüğü Meryem, yaşlı adamın planı için en büyük tehdide dönüşür. Feyza’nın Zeynep’e duyduğu kıskançlık, Zeynep’in, Cüneyd’in sırrına ihanet ettiği sanılacak büyük bir iftiraya dönüşünce Zeynep, Cüneyd’in karanlık yüzüyle tanışır. Mira’nın hayatı ise gerçek ailesinin kim olduğu konusundaki şüpheleri yüzünden büyük bir çıkmaza girer. Levent ve Beste için vakit, Mira’ya hesap verme vaktidir. Öte yandan Sadi Hüdayi başta olmak üzere Cüneyd, Meryem ve Levent de Hande’nin tarikatın kirli sırlarını ifşa eden haberi ele geçiren Hayri yüzünden adaletin kılıcıyla tanışmak üzeredir.
Mira’nın gerçek ailesinin peşine düşmesinden korkan Levent onu ikna edebileceğine inandığı tek kişi olan Meryem’den yardım ister. Meryem ise Suavi’nin sırrına ihanet etmekle Levent’e yalan söylemek arasında sıkışmışken Suavi’yi ötanazi kararından vazgeçirmeye uğraşır. Zeynep’e oynanan oyun yüzünden onunla arası açılan Cüneyd bir buhrana sürüklenirken, Hasna’nın doldurduğu Sadi bu durumu, iktidarını perçinleyecek bir fırsat olarak kullanmaya karar verir. Ancak Zeynep’in kovulan eş olarak karşılaşacağı acı sona teslim olmaya niyeti yoktur. Annesinin itirazlarına rağmen boyundan büyük bir işe girişir. Meryem’i ailesinden uzak tutmak isteyen Beste’nin eline ise çok büyük bir koz geçer. Sadi’nin Levent ile ailesini de davet ettiği ve Cüneyd’i köşeye sıkıştıracağı iftar ise büyük sırların açığa çıkmasıyla sonuçlanacaktır.
Levent’in Zeynep’in gidişi konusunda kendisine yalan söylediğini Beste’den öğrenen Meryem yıkılır. Levent, Beste’yle büyük bir kavgaya tutuşurken Levent’e güveni kaybeden Meryem, yaşananlardan habersiz olan Zeynep’le birlikte Suavi’yi ötanazi fikrinden vazgeçirdikten sonra bir daha o eve gitmeme kararı vermiştir. Suavi’yle görüşmesinden mutlu ayrılan Zeynep halen Cüneyd’e kırgın olsa da Cüneyd, hakkına girdiği kızın gönlünü almak için çare aramaya başlar. Bu yolda kendi evliliğini yürütmekte zorlanan Levent’ten ona yol göstermesini isteyecektir. Ancak Levent ikilinin birlikteliğinden habersizmiş gibi davranmak zorundadır. Fransa meselesinde Mira ile Zeynep arasında bir seçim yapmak zorunda kaldığını anlatmak isteyen Levent’e küs olan Meryem ise ötanazi sırrını ondan saklarken benzer bir duruma düştüğünü fark eder. Ancak Suavi ölüme gitmeden önce, ikisinin de doğruları söylemek için vakti daralmıştır.
Levent, babasının ötanazi kararı verdiğini ve yurtdışına gideceğini öğrenir. Bir yandan babası Suavi’yle yüzleşir bir yandan kızı Mira’nın sürprizleriyle boğuşur. Kararını hayata geçirebilmek için Levent’in imzasına ihtiyaç duyan Suavi’nin ise yeni bir planı vardır. Sadi gözüne giren Affan ile Feyza ve Affan’ın nişan merasimi yapılırken öte tarafta Hasna ve Müyesser Cüneyd’i etkisi altına aldığını ve her şeyin sorumlusu olduğuna inandıkları Zeynep için yeni bir tuzak hazırlar. Cüneyd Zeynep’in gizemli tavırlarından şüphelenirken bir büyük şüphe de Nadire’nin doldurduğu Naim’in aklına düşer. Bu şüphe Meryem’in en büyük korkusuyla yüzleşmesine sebep olacaktır.
Meryem’i Levent’le yakalayan Naim, Meryem’i zina ile suçlar. Meryem, suçlamayı reddetse de bu Naim’in zulmüne engel olmayacaktır. Levent canhıraş biçimde Meryem’i kurtarmaya çalışsa da Sadi Hüdayi ve tarikat ona yardımcı olmaya gönülsüzdür. Dahası tarikattan korkan Meryem de boşanmaya yanaşmamaktadır. Zeynep’in matematik öğrettiğini duyduktan sonra onla yüzleşmek üzere olan Cüneyd’e Meryem’in haberi gelir. Cüneyd, Levent’in bunca zamandır kendisine yalan söylediğini öğrenmiş olur. Zeynep ise babasının Nadire ile ilişkisini ortaya çıkarıp Meryem’i babasının elinden kurtarmak için Cüneyd’den yardım istemek zorunda kalır. Yaşadıklarını herkesten gizlemeye çalışan Meryem nihayet Zeynep’e yakalanınca kızı, annesini Levent’ten yardım isteyip her şeye son vermesi için yüreklendirir. Ancak Naim’in Meryem’i bırakmaya niyeti yoktur ve onu en büyük kabusuyla sınamaya karar verir. Suavi ölümüne giderken, Meryem’i bu karanlık sondan kurtaracak bir umut ışığı kalmamış görünmektedir.
Suavi Bey’in ötanaziden vazgeçmesi ve tekkeye giderek Meryem için izin alması Levent ve Meryem için bayram sevinci olur. Mürşid Efendi’nin verdiği Meryem kararının dergahta nelere yol açacağı ise bayram sabahında belli olmaya başlar. Tarikatı sarsmaya başlayan rahatsızlık sesleri, Meryem’in yeni hayatına çok kolay alışamayacağının işareti haline gelirken Sadi, Hasna ve Müyesser Cüneyd’i de karşı karşıya getirir. Sadi Hüdayi, kendilerinden yüz çeviren tarikat mensuplarını Affan’ın da yardımıyla es yolunda ses getiren kararlar verir. Beste, Meryem’i evden göndermesi konusunda kocasına baskı yaparken Levent, Zeynep’i kurtarmak için Cüneyd’in annesi ile ilgili sır perdesini aralamaya çalışır. Meryem’in tüm korkularına rağmen Zeynep’le arasındaki bağ güçlenen Cüneyd’le Levent’in görüşmesi ise tehlikeli anıların ortaya dökülmesine sebep olacaktır. Ancak gün yüzüne çıkacak tek sır bu olmayacak, başka bir hatıra da Levent ve Meryem ilişkisini sonsuza dek değiştirecektir.
Annesinin, sandığının aksine, intihar ettiğini öğrenen Cüneyd yıkılır. Ancak bildikleriyle afallayan yalnız Cüneyd değildir. Mira’nın gerçek annesinin Meryem olduğunu öğrenen Levent, vicdanıyla korkuları arasında sıkışır. Bu sırada Meryem de Cüneyd ve Zeynep’e dair önemli bir sırrı öğrenmiş ve köşeye sıkışmıştır. Müyesser, Hasna ve Affan’ın desteğini arkasına alan Sadi Hüdayi ise posta oturmak için tehlikeli ve cüretkar bir plan yapar. Cüneyd kendisini ortasında bulduğu bu mücadelede dedesi Mürşid Efendi için endişelenmektedir ve ayağa kalkmak için ihtiyaç duyduğu gücü Zeynep’in sözlerinde bulacaktır. Levent ise Zeynep’i kurtarmak için peşine düştüğü Cüneyd’in annesiyle ilgili bambaşka bir gerçeğe ulaşsa da Meryem’in dayanacak gücü kalmamış, gemileri yakmaya karar vermiştir.
Meryem’in hamlesiyle sarsılan tarikatta Cüneyd, Sadi Hüdayi, Hasna ve Naim gözaltına alınır. Zeynep de Çocuk İzleme Merkezi’ne yerleştirilmiştir. İhbarcıyı bilmeyen ve Levent’i suçlayan Sadi Hüdayi, gözaltındaki Cüneyd’in sağlığını merak ettiği kadar neler itiraf edeceğinden de şüphe etmektedir. Dergahtaki karışıklığı lehine kullanmak isteyen Affan, Mürşid ile ilgili Sadi Hüdayi’ye çok tehlikeli bir teklifle gelirken Cüneyd dedesiyle görüşmek için onu bulmaya çalışır. Günün sonunda Sadi Hüdayi posta oturmak üzereyken Cüneyd yüzlerce yıllık bir dergah adetini kullanarak amcasına bayrak açacaktır. Levent ise İrfan Bey’in baskılarına rağmen Zeynep’i kurtarmak için Meryem ile karşı karşıya gelecektir.
Zeynep, geçici olarak Levent’lere teslim edilirken öfkeli Naim kızını geri almanın yollarını aramaya başlar ancak hıncını da Meryem’den çıkarmayı ihmal etmez. Öte yandan Zeynep’le konuştuktan sonra amcasına biat etmemeye karar veren Cüneyd ya üç fasıldan oluşan mücadeleyi kazanmak ya da hücreye cezasına razı gelmek zorundadır lakin Zeynep’in başına gelen bir felaket onu hayati bir tercih yapmaya zorlar. Levent ve Meryem ise Gülayşe’nin ölümünde ucu dergaha uzanan önemli bir ipucuna daha ulaşır. Bir şüphenin peşine düşen yakalayan yalnız onlar değildir; Arif de Affan’ın sırrını açığa çıkarmaya karar vermiştir. Sadi Hüdayi, Hasna, Müyesser ve Affan ise vakt-ı muarazadan galip çıkmak için bir plan yaparlar. Zeynep, Meryem ve Birgül’ün kızları okutma macerası büyük bir darbe alırken Zeynep mahkemede hangi evde yaşayacağına dair kararını açıklamak üzeredir. Ancak Alkanlı ailesini Mira üzerinden köşeye sıkıştıran Naim’in pes etmeye niyeti yoktur.
Cüneyd’in babası Vahit’in dönüşü herkesi şaşırtmış, posta oturmak üzere olan Cüneyd de bu karşılaşmayla sarsılmıştır. Öte yandan duyduklarını Levent ve Beste’ye belli etmeyen Mira, Naim’in söylediklerinden emin olmak için kesin kanıtı bulmaya kalkışır. Levent ise yıllar sonra oğlunun karşısına perişan bir halde çıkıp, her şeyden vazgeçmiş bir derviş gibi görünen Vahit’ten şüphelenmiştir. Ululara katılmak üzere dergahtan ayrılmaya hazırlanan Sadi ise Vahit’in Cüneyd’in en zor anlarında bile yanında durup oğluna destek olmasıyla abisinin yanında durur.
Vahid’in gelişi herkesin hayatını alt üst etmiştir. Sert kuralları ve uygulamalarıyla herkesi sindiren, gücü tarikatın dışına taşarak ortalığı karıştırmaya başlayan Vahid’in karşısında, kalemini gericilikle mücadele için kullanmaya başlayan Levent’in pes etmeye hiç niyeti yoktur. Ancak Vahid’i Zeynep’le tehdit ettiği Meryem’i onun tehdidinden kurtarmak için ihtiyaç duyulan kanıta ulaşmanın yolu, başta Sadi olmak üzere herkesin güç birliği yapmasından geçmektedir. Bu sırada herkesin ihtiyaç duyduğu Cüneyd ise gerçeklikle bağını koparmak üzere bir haldeyken kayıplara karışmıştır. Bütün umutlar yitirilmeden önce, Cüneyd’in kendine gelip Zeynep için savaşması gerekir. Ancak bu kez en büyük düşmanı dışarıda değil, zihninin içindedir. Zeynep ise makus kaderiyle karşı karşıya kalırken Levent’in tüm zafer çabaları Beste ve Meryem’e doğru hızla yaklaşan bir felaket ile
