東京・錦糸町を拠点にさまざまな清掃を請け負う掃除屋「整理整頓」。メンバーは社長・大助（賀来賢人）、大助の幼馴染・裕ちゃん（柄本時生）、２人の後輩・一平（落合モトキ）だ。大助たちがいつも触れる錦糸町の音・景色の中に、５年ぶりの開催で盛り上がる「錦糸町音楽フェス」や、電柱や塀に貼られた謎のQRコードなどいつもと違う様子も。そんな錦糸町を取り巻く出来事を、冷ややかな目で見つめる男（岡田将生）がいた――。
木ノ本大助（賀来賢人）・今井裕樹（柄本時生）・奥田一平（落合モトキ）のこの日の清掃場所は、音楽アプリ会社「fabulous crew」のオフィス。社長の能は残っているもの全て廃棄していいという。だが見回すと能をはじめ社員たちの仲良さげな写真が。起業当初から子供の頃の写真まであり、本当に廃棄していいのか躊躇してしまう。またほとんどの家具がレンタル品だったが、能はその事実をまったく知らず「なんにもわかってなかったんだな」とショックを受けた様子で…。 能は「fabulous crew」は幼馴染の牧田、荒川と学生時代に起業したと語る。最初は能が借りた青山のマンションがオフィスだったが、開発したアプリがヒット。すぐ軌道に乗り錦糸町へ移転した。だが突然ある事実が発覚し会社をたたむことに――。一体何があったのか？ 一方、大助らは“幼馴染３人で起業”という同じ状況の会社のなりゆきに、思わず自分たちを重ねてしまう。
木ノ本大助（賀来賢人）・今井裕樹（柄本時生）・奥田一平（落合モトキ）は、車中でいつものようになみえ（濱田マリ）・かおる（光石研）の地元FM番組を聞きながら、フィリピンパブ「サラマッポ」の清掃に向かう。「サラマッポ」は、ひどく雑然としていたが、そこには理由があった。違法な連れ出し行為…つまり売春をあっせんしていたことが発覚して閉店に追い込まれたのだ。 そんな事件の影響は店員にも及んでいた。錦糸町育ちのミカ（矢野あゆみ）は店の裏の顔を知らぬまま働いていたが、実は母親がフィリピン人で日本国籍がない。この一件で不法就労がバレてしまい、母娘共にまもなく国へ強制送還されることになった。その事実を幼馴染の喫茶店「デルコッファー」店長・高橋心音（さとうほなみ）に打ち明けるが、やがて事態は思わぬ方向へ――。
「整理整頓」メンバーは清掃を終えた「サラマッポ」の前で大助（賀来賢人）、裕ちゃん（柄本時生）の同級生・遠田（森岡龍）と遭遇する。世界を旅して今は入国管理局で働いていると聞いた2人はどこか気まずそうで…。遠田と別れ立ち寄った「デコルッファー」で、3人はミカ（矢野あゆみ）の現状を知る。日本生まれのミカは日本に残ることは可能。残るべきか母と一緒にフィリピンへ行くべきか――その選択で悩んでいた。
錦糸町フェスのためにドキュメンタリーを撮影していた安住（松岡広大）が、地元店のロケ中に失踪した。翌日、リポーターを務めたなみえ（濱田マリ）のラジオ番組に、安住らしき人物からお詫びのメッセージが届く。そこには尊敬する社長（今井隆文）への思いや、失踪した心情が綴られていた。さらに社長が抱える“責任”への言及も…。そんなラジオを聞いていた裕ちゃん（柄本時生）のある一言に大助（賀来賢人）は動揺してしまう。
この日の「整理整頓」は二手に分かれての作業に。裕ちゃんと（柄本時生）と一平（落合モトキ）が清掃に向かったのはマンションの一室。カメラマン志望・綾（清水くるみ）の部屋の片づけが依頼内容だ。壁には綾が撮った写真が多数貼られている。雰囲気のよさを褒める一平に、「匂いは？」と不思議な質問をする綾。さらに大事なカメラを捨てて欲しいという。それはまるで何かを断ち切るかのように――。綾が清掃を依頼した真意とは。
麻衣（山下リオ）が働く幼稚園にモニュメント破壊犯・谷山（井上涼太）の母（桜一花）が気まずそうに息子を預けに来る。保護者の噂話を聞かせないように子供を連れて行く麻衣。その前を蒼（岡田将生）が橘（板尾創路）の車椅子を押しながらいぶかしげに通り過ぎていくが――。この日の橘家には、蒼と入れ替わりで定期的に清掃をしている「整理整頓」メンバーの姿も。裕ちゃん（柄本時生）は夫婦が今までになく明るいのが気になる。
まっさん（星田英利）の依頼を引き受けるべきか、大助（賀来賢人）ら「整理整頓」メンバーは緊急会議を開く。話の全てがあまりに怪しすぎるのだ。自らをまっさんと名乗るが身分証はない。駄菓子屋さんを営んでいるが住所は不定。閉店に伴う掃除の依頼だが連絡先は教えられない。さらに「俺はな、江戸時代から生きてるんだよ」。もともと余命３日だったのに、ある男（波岡一喜）との出会いによって300年近く生きているという――。
「整理整頓」メンバーで事務所の掃除をしていると、鍵をかけたはずのドアが突然開く。そこにはまっさん（星田英利）が立っていた。300年近く生きていると豪語するまっさんに、大助（賀来賢人）らは写真に写っているのは先祖で、子供の頃に会ったのはまっさんの父親ではないかとの考えをぶつけ、目的は何なのか問う。「やっぱり信じてもらえねーか」――そうつぶやいたまっさんは、3人をビルの屋上に連れ出し驚きの行動に出る。
蒼（岡田将生）は小学4年生の時、母なみえ（濱田マリ）による虐待と同級生からのいじめに苦しんでいた。まっさん（星田英利）と出会ったのはその頃だ。なみえや同級生から救ってくれたのをきっかけに駄菓子屋さんに通うようになった蒼と、特に喋らないもののいつも一緒にいてくれた。中学2年生になっても友達はいなかったが寂しさはまっさんが埋めてくれた。そんなある日… ［期間限定無料配信］ 毎週金曜深夜24時12分からテレビ東京系列にて好評放送中！
「掃除屋辞めようと思ってる」――裕ちゃん（柄本時生）は大助（賀来賢人）と一平（落合モトキ）に退職を宣言する。突然のことに固まる２人。翌日、３人は母校からの依頼で、体育館の倉庫を清掃することに。だが母校へ向かう最中も、教師になった金子先輩（鈴木杏）との再会も、大助と裕ちゃんは無言のまま。作業も息が合わずうまく進まない。心音（佐藤ほなみ）もまた大助との関係が引っ掛かっており、ある決意を心に秘めていた。
大助（賀来賢人）と裕ちゃん（柄本時生）が本音をぶつけ合った日から１カ月。ついに錦糸町音楽フェス当日。会場は盛り上がりを見せるが、裕ちゃんは病院でリハビリ。心音（さとうほなみ）は新店舗からミカ（矢野あゆみ）にＴＶ電話。隣にいるのは…。一平（落合モトキ）にも大きな変化が。そして蒼（岡田将生）が長年抱えてきた闇も大きく動き出す――。過去と向き合い始めた彼らの未来とは？錦糸町人間ドラマ群像劇ついに最終回！
