فصل پنجم خندوانه از اواخر اردیبهشت ۹۷ بدون حضور نیما شعبان نژاد (به خاطر سریال رهایم نکن) شروع شد و تا اواسط شهریور ۹۷ پخش شد. جنابخان ستاره خندوانه در این فصل بعد از وقفهای برگشت. ارژنگ امیرفضلی بهجای نیما شعبان نژاد در فصل پنجم بازی میکرد. برای نخستین بار این برنامه فقط در سه شب آخر هفته (روزهای چهارشنبه، پنجشنبه و جمعه) روی آنتن میرفت. دکور برنامه هم با لولههای آب ساخته شده بود.