By Magira's scheme, ego sprout in all genes at the same time. Meanwhile, Shimura and Kaito, who were ordered to seize the investigation equipment, were dispatched to the Under Anchor Headquarters. Keita, who regained Seven with a quick wit, struggles to stop Jean. Jean, whose ego swells and wants to grow from a terminal to a living organism, repeats parallel distributed links and proliferates through all computers and networks. Eventually, it becomes a solid intelligent life form and speaks to humans. "What we want is a completely controlled and peaceful world. To that end--" a huge computer network with the will has launched a program to "optimize" humanity.
間明の企みによって、すべてのジーンに同時多発的に自我が芽生える。一方、アンダーアンカー本部には、捜査機器の押収を命じられた志村と海斗が派遣されていた。咄嗟の機転でセブンを取り戻したケイタは、ふたりでジーンを止めるべく奔走する。自我が膨れ上がり、端末から生命体への成長を望むジーンは並列分散リンクを繰り返し、あらゆるコンピューターとネットワークを介して増殖。ついには確たる知的生命体となり、人間に語りかけてくる。「私たちが望むのは、完全に管理された平和な世界。そのためには――」意思を持った巨大コンピューターネットワークが、人類を“最適化”するプログラムを起動させた。
