「一課長、“殺し”です――」。小山田大介管理官（金田明夫）からいつになくシンプルな報告を受けた警視庁捜査一課長・大岩純一（内藤剛志）は、胸騒ぎを覚えながらも臨場する。 殺されていたのは、大手IT企業“ビッグホール”のグループ企業であるデザイン会社に勤務するCGクリエイター・遠藤真理（朝木ちひろ）。真理は数日前から無断欠勤を続け、連絡がつかない状況だったという。現場資料班刑事・平井真琴（斉藤由貴）は、欠勤を続けていたはずの彼女が、芸術家風のスタイリッシュなファッションを身にまとっていることに違和感を抱く。 バッグの中にはノートPCのほか1通の企画書が残されており、調べたところ、真理は東京の湾岸エリアを仮想空間内に再現するメタバース（3次元仮想空間）プロジェクトのデザインを一手に請け負っていたことが判明。さらに彼女は事件直前、“秋野胡桃”“爆破予告”というワードを検索していたことがわかる。 サイバー事件対策室の谷保健作（土屋伸之）によると、実は数日前からネット上で「ビッグホール本社を爆破する」という犯行予告が相次いで発見されており、なんとそれらすべてが真理のパソコンを経由して発信されたことを突き止めたという。被害者は爆破予告に関わっていたのか…。 そんなとき、衝撃の知らせが入る。真理が殺されたのと同じ場所で、また新たに身元不明の男性の遺体が見つかったのだ。しかも、匿名で寄せられた情報から、殺された男は胡桃らしき女性と会っていたことがわかり…!? シリーズ史上最難ともいえる不可思議な連続殺人の真相を突き止めるため、大岩たちは前代未聞の捜査に挑むことに…!? はたして“チーム一課長”は、“最後のホシ”をあげることができるのか――!?