朝、血のついたナイフを持った男が京都府警に出頭、時を同じくして京都市内の植物園で若い男性の刺殺体が見つかった。2つの知らせを同時に受け取った榊マリコ（沢口靖子）ら科捜研メンバーは驚く。 鑑定の結果、ナイフが殺人に使われたことは間違いなかったが、出頭してきた植物園の職員・佐向祥太（小越勇輝）は何を聞いても無反応で様子がおかしい。科捜研で“ポリグラフ検査”を行ったところ、佐向は昨夜から今朝にかけての記憶を喪失しており、自分の犯行すら覚えていないとわかる。 一方、被害男性の身元は依然として不明のままだったが、解剖の結果、事件の１時間前に”トレニア”や“メランポジウム”などの“花”だけを食べていたことが発覚した。 マリコたちが気になったのは事件の朝、植物園内にある“実験植物園”の防犯カメラだけが作動していなかったこと。その実験植物園は二条院大学植物学研究室准教授・菅原香奈枝（朝夏まなと）が管理しており、部外者は立ち入り禁止となっていた。香奈枝は、植物は人間には聞こえない超音波を発し、他の植物や昆虫などと“会話”しているのではないかという仮説を立てて、実験しているらしい。 その矢先、心理カウンセラー・井手誠人（小松和重）からの情報で被害者の身元が浮上する。殺されたのは井手のカウンセリングを受けていた二条院大の元学生・土橋春樹（小南光司）で、彼はかつて香奈枝の研究室で学び、佐向とは友人関係にあったとわかる。捜査が行き詰まる中、井手は”ある心理療法”で佐向の記憶を探りたいと申し出るが…!?