Season 3

Robotics scientist Keitaro Jin and his son Keisuke become caught up in the campaign of terror by an evil organization known as "G.O.D.". They are attacked and the professor's technology stolen, but before Keitaro dies, he is still able to perform surgery on his son. With the very last of his robotics technology, he transforms his son into "Kamen Rider X". To avenge his father's death and ensure the safety of the entire world, Keisuke uses this technology as he battles the monstrous minions of G.O.D.

海洋科学者・神啓太郎（じん けいたろう）教授は、日本全滅を狙う大国の連合組織「GOD（ゴッド）機関」より組織への加入を迫られる。拒否した神教授は報復としてGODから重傷を負わされ、彼を助けようとした息子・神敬介（じん けいすけ）も殺害されてしまう。瀕死の神教授は、最後の力で敬介にサイボーグ手術を施し、深海開発用改造人間・カイゾーグとして蘇らせ、「仮面ライダーX」の名を与える。 父の遺志を継ぎ、日本全滅を図るGODと戦う決意を固めた敬介の前には、かつての恋人・水城涼子（みずき りょうこ）がGODの一員として現れるうえ、彼女と同じ顔をした謎の女性・霧子（きりこ）が敬介を助ける。涼子の真意と霧子の正体を求めつつ、過去の「仮面ライダー」の協力者である立花藤兵衛らの助力も得て、XライダーはGODに立ち向かう。 実は涼子は国際秘密警察の調査員であり、GODへの潜入のために敬介たちを裏切る振りをしていた。そして霧子は、涼子の双子の妹だった。その事実が明らかになったとき、GODの手にかかって姉妹は命を落とす。悲しみをこらえ、Xライダーとして戦い抜くことを誓った敬介の前には、GOD秘密警察第一室長・アポロガイストが現れる。その強大な力にXライダーは苦戦を強いられるが、なんとか勝利する。敗北したアポロガイストは強化手術を受け、それまで以上に恐ろしい力を得てよみがえるが、その再生は不完全であり、余命を延ばすためにはXライダーの持つパーフェクターが必要だった。生き残りをかけた激闘の末、ついにXライダーはアポロガイストを完全に倒す。 アポロガイストの死後、GOD悪人軍団を率いる新幹部・キングダークが姿を現す。キングダークの巨体を自由に動かすために必要なRS装置の設計図は9つに分割されており、Xライダーと悪人軍団は争奪戦を繰り広げる。そのさなか、強敵・クモナポレオンにXライダーは敗れてしまうが、駆けつけた仮面ライダーV3＝風見志郎によって強化再生され、新たな力を得てGODに立ち向かう。 やがてキングダークはRS装置を待ちきれずに立ち上がると、戦闘に臨む。その巨大な体内に侵入したXライダーは、そこでGODを操っていたと自称する呪博士と対峙し、彼を倒す。呪の死とともにキングダークも爆発四散し、ここにGODは滅びた。敬介は藤兵衛たちに別れを告げ、どこかへ旅立っていった。

由于秘密结社“GOD机关”的袭击，神敬介与身为科学家的父亲·神启太郎一起受了重伤。 但是，被濒死的父亲施加了改造手术的神敬介，作为深海开发用改造人·Kaizorg“假面骑士X”复活。 为了打破GOD的野心，假面骑士X的战斗拉开了帷幕！