A.I.M.S.の隊長・刃唯阿に対し、国防長官の大門寺は仮面ライダー滅亡迅雷の破壊を命じた。この指令に戸惑う唯阿だったが、仮面ライダー滅亡迅雷もまた、次の標的を唯阿＝仮面ライダーバルキリーに定めていた。さらに、いまやZAIAエンタープライズの呪縛から逃れた兵士型ヒューマギア＝ソルドたちも、自由を求めてA.I.M.S.との全面戦争に乗り出す。一方、滅亡迅雷.netの４人の壮絶なる最期を目撃した不破諫は彼らの“真意”に気づき始めていた。あくまで自らの“正義”を貫き、仮面ライダー滅亡迅雷やソルドたちとの戦いを拒み続ける唯阿の運命は？ そして、ひとつの覚悟を決めた諫は、仮面ライダーバルカンとして、最後の使命を果たそうとしていた――！