飛羽真たちは大秦寺に今のサウザンベースの状況を聞く。大秦寺曰く、組織の長であるマスターロゴスとは直接、会うことができず、全ては柛代玲花を通じて指示があるとのこと。組織の真の敵は玲花なのか。思い悩む中、芽依がとんでもない発言をする。
「その一番偉いマスター何とかって人に直接会って話せばいいじゃん!」
大秦寺は否定するが、飛羽真とユーリは乗り気に。そして、サウザンベース侵入作戦が始まる。
一方、ストリウスもサウザンベースに侵入して禁書を奪うことを画策する。
それぞれの思惑でサウザンベースに侵入する飛羽真、大秦寺、そしてストリウス。飛羽真は謎の青年に導かれ、禁書を手にしたストリウスと遭遇する。その禁書はストリウスにも扱えないほどの強力な力を秘めていた。
Touma and the others ask Tetsuo about the current state of the Southern Base who tells them that none of them were allowed to speak with Master Logos, and that all communication is carried out through Reika. Could Reika be the true traitor of the guild? Mei suddenly remarks, "Such a great Master should be able to talk to people face to face, don't you think?" While Tetsuo is reluctant, Touma and Yuri are enthusiastic, as their operations regarding the Southern Base get set into motion. Meanwhile, Storious plans to invade the Southern Base in order to steal a forbidden tome for himself as he, Touma, and Tetsuo are all found within the walls of the Southern Base, each with their own motivations. Touma follows the trail of a mysterious young man who leads him to Storious clutching the forbidden tome. This tome contains so much power within it, that even Storious himself is unable to control it all.