仮面ライダーサウザンドアークとのゲームに勝利した檀黎斗は幻夢無双ガシャットの力でIT関連のベンチャー企業を次々と買収し、幻夢コーポレーションを拡大していく。だがそこにスマートブレインのイメージガール兼社長秘書のスマートクイーンが現れ、幻夢コーポレーションの買収が完了したと告げる。その目的は黎斗のゲームを生み出す力。黎斗は幻夢無双ガシャットを抱えてその場を脱するが、充電が切れて静止してしまう。黎斗を助けたのは意外な人物で―――。
作り替えられた「戦いのない世界」で、弟のために市議会議員・根津忠太の汚れ仕事をして生活している浅倉威。この日の仕事も根津が裏で仕組んだ簡単な銀行強盗のはずだった―。だが、なぜか来ないはずの警察がやってきて銀行を包囲。浅倉は追いつめられる。そこに鏡の中から仮面ライダーオーディンが現れ、浅倉に告げる。この窮地を抜けたければ仮面ライダーになり、最後の一人になるまで戦え、と。だが、浅倉はオーディンに告げる。「俺は殺しはやらない」───。
緋道蓮は平和になった世界で強さを求める意味を見失っていた。そこにメギドを追って仮面ライダー滅が現れ、迫りくる悪の脅威から世界を守るために手を貸すよう求める。善意をラーニングし、悪を根絶するためにライダーの世界をひとつにしようとしている超常的存在、“ゼイン”の予測によると、蓮にも脅威が迫っているという。一方、財団Ｘのエコル、ジョゼフ乱堂はゼインが人類を滅ぼすのを阻止するため【プロジェクトアウトサイダーズ】を開始。仮面ライダーディエンドが回収したオーディンのカードデッキの力を使い、デザストを復活させた。
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エコルの裏切りによりゼインの力が奪われた。そして、次元が切り刻まれ滅ぼされようとする世界。そんな未曾有の危機にやって来たのはデザイアロワイヤルのプロデューサー・ジーン。誰もが幸せになれる世界を叶えるため、”ゼインゲーム”の開催を宣言する。エントリーするのは歴戦のアウトサイダーズたち。しかし曲者揃いの面々がそう簡単に集結するはずもなく……。ジーン自身も仮面ライダージーンゲイザーへと変身し、ゼイン、エボルXと対峙する。世界を守るのは、正義か、悪か―――。【プロジェクトアウトサイダーズ】がフィナーレを迎える。