När konstnären Matt Furie ser sin figur, en tecknad groda, bli till en av extremhögerns mest älskade symboler dras han in i en kamp för att återta makten över sin kreation. Pepe the Frog är en film om den makt bilder kan ha online och om memets fascinerande livscykel, där ägandeskapet kan tas ifrån skaparen och meningen förändras över en natt.