John Doe ist immer noch damit beschäftigt, herauszufinden, wer er ist. Nach wie vor ist er davon überzeugt, dass er verheiratet ist und auf einem vorüberfahrenden Schiff seine Frau gesehen hat. Aber leider kann er auch durch den Fingerabdruck der unbekannten Frau nicht herausfinden, wer sie ist. So scheint seine Vergangenheit weiterhin ein Rätsel zu bleiben. Frank Hayes hat in der Zwischenzeit mit einem mysteriösen Fall zu tun. Als er nicht mehr weiter weiß, bittet er Doe um Hilfe, auch wenn er damit gegen die Anweisungen seiner Chefin, Lieutenant Avery, verstößt. Aber Doe beweist, dass er durch sein Wissen der Polizei bei der Lösung des Falles helfen kann. Selbst Lieutenant Avery muss feststellen, dass Doe eine Bereicherung für die Polizei ist. Und es sieht ganz so aus, als würde er ihnen auch weiterhin assistieren.
While continuing his quest to figure out who he is and from where he came, John Doe must use all his unique abilities to solve a gruesome murder case, initiated when a seemingly innocent individual dives into a swimming pool which he discovers is filled with human blood. Meanwhile, Lt. Jamie Avery, impressed with Doe's ability to help the police with the case, attempts to surreptitiously learn his real identity. Karen is fired from her waitress job at The Sea and convinces Doe that he needs her as his assistant. Also, a mysterious woman may have information on Doe's identity.
Tout en cherchant à découvrir qui il est et d'où il vient, John utilise ses extraordinaires capacités pour résoudre une affaire de meurtre : un individi est retrouvé dans une piscine dont l'eau a été colorée par du sang humain.
John Doe usa le sue abilità per risolvere un caso di omicidio, iniziato quando un uomo si è tuffato in una piscina coperta di sangue umano. Le indagini contribuiscono a fermare un traffico di immigrati clandestini. Karen viene licenziata e quindi prova a convincere John che ha bisogno di un'assistente. Una donna misteriosa potrebbe avere alcune informazioni sull'identità di John.