Nakon ozbiljnih financijskih ulaganja u nuklearni program i okupljanja vrhunskih znanstvenika, bivša Jugoslavija početkom pedesetih godina prošlog stoljeća utemeljuje tri nuklearna instituta - Institut u Vinči kraj Beograda, Institut Ruđer Bošković u Zagrebu te Institut Jožef Stefan u Ljubljani. Znanstvenici u prvo vrijeme ne znaju da je cilj atomska bomba, no ubrzo im postaje jasno zašto su dobili novac. Nakon što je Titov režim krajem 60-ih godina prošlog stoljeća nakratko odustao od izrade atomske bombe, okrenuo se mirnodopskom korištenju nuklearne energije.
Možda nuklearka u Krškom ne bi ostala "jedna jedina" u bivšoj Jugoslaviji da se 1986. godine nije dogodila havarija u Černobilu koja je u cijelom svijetu zaustavila brojne projekte. Aljkavost i niska razina sigurnosti doveli su do havarije koja je u svim mogućim tamnim bojama ocrtala opasnosti korištenja nuklearne energije. Stanje u Černobilu i danas je prepuno ozbiljnih upozorenja, no čini se i da je ta havarija podigla razinu sigurnosti nuklearnih elektrana u cijelom svijetu.
Zbrinjavanje radioaktivnog otpada, uz sigurnost, ključno je pitanje korištenja nuklearne energije. Hrvatska taj problem nije riješila ni sa svojim otpadom iz bolnica i instituta, niti s otpadom iz NE Krško. Skladištenje hrvatskog radioaktivnog otpada planirano je u vojarni Čerkezovac kraj Dvora, no lokalno stanovništvo se tome protivi. Primjeri Slovenije i Francuske pokazuju da se može naći zadovoljavajuće rješenje s lokalnom zajednicom, no kad je riječ o Hrvatskoj, u prvom je planu pitanje povjerenja u institucije.