毎日繰り返される日常生活のどこかに、不可思議な世界への入り口がある。これは「Y」の始まりの物語。ある日、寺刃ジンペイのクラスに転校生がやってきた。彼の名は小間サン太夫。二人は好きなアニメの話をきっかけにすぐに意気投合。すっかり打ち解けたジンペイは、コマに恋の悩みを相談する。なんでも、電車の中で会う女子高生に、なぜかドキドキしてしまうのだという。コマに協力してもらい、彼女に告白することを決意したジンペイ。次の日の放課後、声をかけるために彼女の後を追うが、何やら怪しい男が後をつけていることに気づき…
憧れの「Y学園」に入学し、中学生になった玉田マタロウは、「YSPクラブ」に所属するジンペイたちと出会い、ドタバタながらも楽しい毎日を送っていた。ところがある日、突如巨大なサラリーマンが学園内に出現！彼は学園七不思議に認定されている“巨大サラリーマン宮沢さん”で、女子更衣室を巨大な顔で覗く変態…というウワサもあるらしい。さっそく不思議解明ミッションを開始しようとするジンペイたちだが、その様子を姫川フブキのクラスメイト・アカネが部室の外からうかがっていた。
マタロウは学園七不思議案件を疑って…。 超エリート校・Y学園には、多くの謎が存在する…。その謎に立ち向かうのが「YSPクラブ」。彼らはなんと「妖怪HERO」へと変身することができるのだ！そんな彼らに、妖怪史上最大の謎解明ミッションが下される！ ジンペイたち「YSPクラブ」を待ち受けているのは、輝かしい未来か、それとも…？まだ見ぬ新体験が、キミを待っている！ Y学園…いや、この世界最大の謎を解明せよ！！
大王路エマのために、学園七不思議案件のひとつ「未来を予知するチョコレート」を手に入れることになったジンペイ達だったが…。 超エリート校・Y学園には、多くの謎が存在する…。その謎に立ち向かうのが「YSPクラブ」。彼らはなんと「妖怪HERO」へと変身することができるのだ！そんな彼らに、妖怪史上最大の謎解明ミッションが下される！ ジンペイたち「YSPクラブ」を待ち受けているのは、輝かしい未来か、それとも…？まだ見ぬ新体験が、キミを待っている！ Y学園…いや、この世界最大の謎を解明せよ！！
