“医龍”こと朝田龍太郎（坂口憲二）を中心としたチーム・メディカル・ドラゴンは日本初のバチスタ手術（超高度な技術を要する心臓手術）を成功させた後、解散。朝田は再び難民キャンプの医師として活動をしていた。“チーム・メディカル・ドラゴン”を欠いて以来、明真大学付属病院の患者数は激減。教授戦を争った加藤晶（稲森いずみ）、霧島軍司（北村一輝）の姿もない。病院に残ったメンバー、伊集院登（小池徹平）、里原ミキ（水川あさみ）はおろか、メンバーではない木原毅彦（池田鉄洋）さえも経営に不安を覚えるほどだ。そんな時、チームドラゴンのメンバーに明真再建とチーム再結成を訴える差出人不明のメールが届く。だが、朝田はアメリカ、元メンバーの内科医、藤吉圭介（佐々木蔵之介）は地方の病院に勤務、麻酔医の荒瀬門次（阿部サダヲ）は明真にいるものの覇気がなく、伊集院は再結成に疑問を持つ。 ほぼ、時を同じくして明真には病院経営再建のため、チームドラゴンのかつての宿敵、野口賢雄（岸部一徳）が、教授を含めた全医局員の人事権を持つリスクマネージメント部長として復帰した。ますます再結成は夢と思う伊集院。だが、野口は伊集院を明真から飛ばそうとした江上彰教授（板尾創路）を系列病院に左遷してしまう。 そんな折、明真の間近でひき逃げされて、重症を負った片岡一美（内田有紀）がERに搬送された。鬼頭笙子教授（夏木マリ）がアメリカに渡って以来、覇気のないER医師たちがあきらめようとした時、なんと朝田が現れて片岡を救う。帰国した朝田に、野口は明真大学の医療レベルを全国にアピールする