In punizione allo spaccio della Questura di Bologna, Coliandro è un giovane poliziotto che, nell’ufficio del suo amico Trombetti, incontra Nikita (Nicole Grimaudo), una pony express che lo sta cercando per mostrargli una busta che avrebbe dovuto consegnare e che si è aperta durante un incidente in motorino, rovesciando un floppy disk e 250 mila euro in contanti. Coliandro si trova così coinvolto in un caso di droga e di collusione tra gli ambienti mafiosi e giudiziari.
Una mattina Coliandro viene speronato da una Vespa anni Cinquanta guidata da Hô, un bambino cinese che, in fuga, lascia dietro di sé un documento falso. Alla ricerca del bambino, Coliandro si infiltra nella comunità orientale, con l’aiuto di Sui, una poliziotta cinese clandestina, in cui scopre che la criminalità ricicla documenti di persone morte e sepolte nelle catacombe sotterranee e controlla il traffico di organi, gli ospedali fantasma e le fabbriche clandestine.
Nel quartiere dormitorio Pilastro, situato alla periferia di Bologna, dove si è abituati alla criminalità, Coliandro e altri agenti della Squadra Mobile stanno svolgendo un’operazione quando Trombetti, durante un inseguimento nei sotterranei di un palazzo, uccide il pregiudicato Piras. Il poliziotto viene incriminato per omicidio volontario a causa di elementi poco chiari. Sospeso e messo agli arresti domiciliari, diventa oggetto di un’indagine mentre Coliandro, che crede dell’innocenza dell’amico, fa di tutto per risolvere il caso.
Una prostituta nigeriana viene trovata morta ma Coliandro, che è stato rimosso dall’incarico e deve occuparsi di N’kiru, la sorella della defunta, è convinto che si tratti di un delitto maturato fuori dall’ambiente della clandestinità. Pochi giorni prima di morire, infatti, la donna non aveva fatto mistero della possibilità di cambiare vita. Anche un ex funzionario dell’Ambasciata nigeriana viene ucciso nel suo appartamento messo sottosopra. La Squadra Mobile indaga mentre Coliandro, pur mettendosi nei guai, finisce per trovare il bandolo della matassa.
Coliandro si fa fregare la pistola da una ragazza di origine slava, Jelena (l'attrice Gilda Lapardaja), mentre cerca di arrestarla per un tentato furto. Jelena, però, non è una ladra: è una giovane donna in fuga, spaventata. Dato che non può certo rivelare a colleghi e superiori di essersi fatto rubare la pistola, Coliandro è impegnato come al solito in un' indagine personale. Aiutato solo da Gargiulo, insegue la sua pistola e di conseguenza la ragazza, finendo per scontrarsi con un'alleanza tra la spietata "mafia dei balcani" e la camorra, e portando alla luce un giro di riciclaggio di rifiuti tossici.
L'omicidio di Luigi D'Orrico – anonimo titolare di una piccola ditta che si occupa di "raccolta ed elaborazione dati" – non sarebbe un caso eclatante. Se non fosse che sono coinvolte escort, squillo d'alto bordo, e se non fosse che inaspettatamente, le indagini vengono rallentate e deviate da ordini dall'alto. Coliandro – escluso dalle indagini, ma con la volontà di rimediare agli errori passati – si trova di nuovo a indagare per conto suo. Aiutato da Simona, un'altra escort, Coliandro riesce a rintracciare l'unica testimone dell'omicidio, rivelando così una trama complessa, che passa attraverso documenti compromettenti e nascosti, fino a toccare cellule di servizi segreti colluse e gruppi di potere economici e politici.
Un gruppo di rapinatori mascherati fa irruzione in una banca prendendo in ostaggio clienti e impiegati per fare aprire dal direttore la cassaforte nel caveau. In una toilette della banca si trova, però, Coliandro che, accortosi del tentativo di rapina, riesce ad avvertire i suoi colleghi che arrivano per trattare con i criminali. Nel frattempo la situazione all'interno della banca si è capovolta: tre criminali veri che devono recuperare degli importantissimi documenti prima di essere raggiunti da un mandato di cattura emesso dalla dottoressa Longhi, approfittano della situazione per agire: ed ecco che rapinatori (criminali da quattro soldi con armi finte) e ostaggi si trovano prigionieri di feroci banditi pronti a tutto. Ma non hanno fatto i conti con Coliandro che metterà i bastoni fra le ruote ai veri criminali, in modo rocambolesco e non procedurale. Rientra in scena Alessia (Cecilia Dazzi) già incontrata nell'episodio "In trappola" della prima serie: dopo la morte del fratello decide di cambiare vita e di lavorare in banca dove fortunosamente si imbatterà nuovamente nel nostro ispettore, sequestrato da una banda di rapinatori insieme ad alcuni clienti.
Da una macchina arrivata all'alba in un campo di nomadi romeni sulla riva del Reno scendono alcuni uomini che, con precisione militare, aprono il fuoco sulle roulotte senza ferire nessuno. Sembrano tornati i tempi delle aggressioni razziste della Uno Bianca. Ma si tratta, invece, di un avvertimento e Vlad lo capisce subito. Due ragazze giovanissime della sua banda hanno rubato nella casa sbagliata, c'è qualcosa che deve essere restituita. Vlad e le due ragazze vanno a riconsegnare la refurtiva, ma subito dopo sia lui che una delle ragazze vengono uccisi; la più piccola riesce a fuggire e va a rifugiarsi da Coliandro che, qualche giorno prima, l'aveva sorpresa a rubare e l'aveva lasciata libera. Coliandro con l'aiuto di Elena, una giovane assistente sociale che si occupa di nomadi, e del suo collega "Gambero" riuscirà a scoprire un pericoloso gruppo criminale.
L’ispettore Coliandro (Giampaolo Morelli) è impiegato nei servizi di pubblica sicurezza durante una partita di calcio. Durante una colluttazione tra la polizia ed alcuni ultras, Coliandro viene ferito ad un dito, mentre viene arrestato uno degli ultras di nome Luchino che aveva tentato di accoltellare un poliziotto. Il ragazzo precedentemente aveva avvistato due uomini che stavano entrando in una farmacia, uno dei quali era ferito. Luchino inizia ad essere minacciato all’interno del carcere da questi uomini attraverso un avvocato con l’unico scopo di farlo tacere su quanto ha visto ed è per questo che viene ucciso da una coltellata da un altro carcerato. Viene informata della sua morte la sua amica Lara che era molto legata a lui. Coliandro scopre l’omicidio della sua collega Balboni (Enrica Ajò), avvenuta a causa di un colpo di pistola. L’agente Gargiulo (Giuseppe Soleri) crede che non si tratti di una coincidenza, perché hanno perso la vita tutte le persone presenti allo stadio il giorno della collisione con gli ultras, ma inizialmente quest’idea non viene più presa in considerazione da Coliandro. L’ispettore comprende che Gargiulo ha ragione nel momento in cui si rende conto di essere in pericolo di vita perché c’è ad attenderlo in casa un uomo. Sfortunatamente il malvivente scoperto, riesce a scappare. Coliandro informa dell’accaduto la Dottoressa Longhi (Veronika Logan)e va alla ricerca della ragazza che gli aveva rotto il dito, che gli sfugge dalle mani. L’ispettore va nella palestra pubblicizzata sul maglione della ragazza e chiede sue notizie: non solo scopre la sua identità, ma le parla. Scopre che si tratta di Lara, amica di Luchino e la informa la ragazza sui suoi sospetti. Quest’ultima ricorda l’ultima volta che è stata insieme al suo amico Luchino ed accenna ad un episodio avvenuto in farmacia, in cui aveva visto uscire il suo amico in fretta e furia, come se avesse visto qualcosa che non avrebbe dovuto veder
Una donna slovacca di nome Giada viene seguita nel cuore della notte e si rinchiude in un bar con l’agente di polizia Gargiulo (Giuseppe Soleri), riuscendo a fuggire dall’uomo e dalla donna che la stavano pedinando. Gargiulo poco dopo si presenta in casa di Coliandro (Giampaolo Morelli) ubriaco fradicio, con le braccia ricoperte di sangue e con un coltello in mano, sporco anch’esso di sangue.
Il professore Righetti all’interno dell’Università viene prima strangolato e poi accoltellato. Hanno colpevolizzato la moglie, che era anche un ex insegnante di Coliandro (Giampaolo Morelli). La professoressa Moline in commissariato nota la presenza di Coliandro. Informa il suo ex alunno della consapevolezza che il marito la tradisse, ma non gliene importava nulla e gli chiede di indagare sul caso per scoprire la verità. L’ispettore ne parla con Gamberini (Paolo Sassanelli) e crede che non sia stata lei ad uccidere il marito.Coliandro inizia ad interrogare alcuni dei colleghi del professore, che non ne parlano per nulla bene, e lo definiscono un gran maiale. Inoltre, viene fatto il nome di una ex studentessa, una certa Valentina Ludovici, con cui il professore avrebbe avuto una relazione. La ex studentessa in questione è una non vedente. Coliandro scopre che il professore Righetti era in realtà suo padre. La ragazza crede che qualcuno all’interno della facoltà di filosofia l’abbia ucciso. Si assiste al secondo omicidio di uno studente di nome Kaled della stessa facoltà. Le modalità con cui i due sono stati assassinati sono le stesse. Coliandro consiglia a Gamberini e all’agente Bertaccini (Caterina Silva) di interrogare il professore Borgia, relatore della tesi dello studente morto. La Dottoressa Longhi (Veronika Logan) crede che si tratti di un serial killer. Coliandro interroga un certo Giacomo Russo, ragazzo con cui lo studente aveva avuto una relazione fino a poco tempo prima. Il ragazzo non era a conoscenza della sua morte, anzi racconta a Coliandro di aver incontrato Kaled alcune sere prima del suo omicidio, che lo esortava a non provarci più con lui, quando in realtà non era cosi. Probabilmente a corteggiarlo e a mandargli come regali dei medaglioni a forma di teschio in forma anonima era stato proprio il suo assassino. Coliandro scopre che all’interno dell’università è stato creato un gioco di nome Cassandra, a cui
Alcuni malviventi con il volto coperto da un passamontagna, sparano su una roulotte uccidendo chi vi sta dentro. Coliandro (Giampaolo Morelli) trovandosi nel luogo per puro caso, dovendo accompagnare una zingarella sorpresa a rubare a casa sua, si rende conto che gli assassini sono professionisti, ma che soprattutto è stato un avvertimento e non un regolamento di conti tra rom. L’avvertimento è stato ben interpretato da uno zingaro che insieme ad altre due bambine dello stesso campo, sono colpevoli del furto a casa dei malviventi, dove recuperano i gioielli rubati in una gioielleria, dove ci è scappato anche il morto (in questo caso il proprietario). Lo zingaro che ha fatto il colpo ritorna con gli oggetti rubati, tranne un anello che ruba una delle due zingare. Nonostante restituisca il bottino preso loro, i malviventi uccidono lo zingaro ed una delle bambine perdono la vita. Ora i malviventi sanno che ad avere l’anello è l’altra zingara e vanno alla sua ricerca. La bambina si ritrova in casa di Coliandro, che chiede aiuto all’amica di Gamberini (Paolo Sassanelli) che decide di portarla a casa sua e nel momento in cui la bimba non è bene accetta prova a mandarla in un istituto di accoglienza, soprattutto dopo aver trovato un anello ed aver avvisato il Direttore di un’associazione di volontariato. Quest’ultimo avvisa il maresciallo dei carabinieri di aver trovato l’anello e due malviventi sopraggiungono uccidendolo e recuperando l’anello. In realtà, il maresciallo è il capo della banda che ha fatto il colpo in gioielleria ed ucciso il gioielliere ed i rom. Di questo gioco che miete sempre più vittime non vuole far più parte uno della banda, il quale, dopo essere stato convinto a fare una rapina, viene ucciso insieme al gestore del negozio. Artefice di tutto è il maresciallo, che per eliminare le prove della sua colpevolezza, chiama i suoi colleghi dicendo di aver fermato l’uomo e facendo trovare accanto a costui la pistola usa
Il teste-chiave nel processo contro la cosca dei casalesi viene ucciso e la Dott.ssa Longhi, procuratore, è costretta a chiamare a testimoniare la giovane Jelena (protagonista anche de "La Pistola", primo episodio della seconda stagione) che vive sotto protezione e con falsa identità nei pressi di Bologna. Jelena, è l’ultima testimone a conoscenza di fatti che possono far condannare il boss dei casalesi. Coliandro che nel frattempo è stato trasferito all’ufficio passaporti, ha rintracciato, per caso, l’indirizzo della ragazza attraverso un passaporto segretato. Decide di andarla a trovare proprio quando due casalesi, sotto le spoglie di falsi poliziotti volevano farla sparire. Coliandro sventa il rapimento ma Jelena, spaventata, scappa: ormai non si fida più di nessuno. Si rifugia a casa di Coliandro che immediatamente avverte la Longhi, la ragazza vuole parlare solo con lei. Ma la Longhi proprio mentre si reca all’appuntamento con Jelena , subisce un attentato, mascherato da incidente stradale, e rischia di morire. Costantino, un giovane magistrato, prende in mano le indagini e fa arrestare Coliandro per favoreggiamento. Coliandro , dopo essere scampato ad un tentato omicidio, viene rilasciato e all’uscita del carcere trova Jelena e il fido Gargiulo ad attenderlo. Insieme ricostruiscono gli avvenimenti e capiscono chi, all’interno della procura, è la talpa dei casalesi. Braccati da killer inviati dalla cosca, i tre riescono a fuggire e trovano rifugio in un borgo abbandonato dove vive una strana comunità...
Spillo, un giovane sbandato, su ordinazione, ruba una grossa auto dove trova strani oggetti ti tipo satanico, croci al rovescio e portachiavi con incisa una testa di cane nero. Aprendo il bagagliaio, con suo grande orrore, vede un giovane incaprettato e ormai cadavere, non fa in tempo a sorprendersi che lui stesso viene ucciso da due strani figuri. Coliandro, trasferito al reparto cinofilo della questura alle prese con cani "disturbati", viene contattato da sua sorella molto preoccupata per sua figlia Angelica in fase dark. La teme coinvolta in una setta satanica in cui bazzica il fidanzatino sparito da qualche giorno. Coliandro, in compagnia di Gargiulo, riesce a infiltrarsi nel giro della setta per poter sorvegliare sua nipote. Qui salva da un tentativo di stupro Vanessa, una misteriosa e sensuale dark lady, di cui si invaghisce. Vanessa si offre di aiutarlo nella ricerca della nipote che è adesso scomparsa. Coliandro si lascia condurre da Vanessa, che in realtà è il leader della setta satanica, nella villa dove si sta per celebrare una messa nera in cui verrà sacrificata la nipote Angelica e forse... Coliandro stesso.
I servizi segreti di mezzo mondo sono a Bologna per dare la caccia a Natasha, meglio conosciuta come Black Mamba, pericolosa e letale killer di cui in passato si sono tutti serviti, ma che adesso vogliono eliminare perché a conoscenza di troppi segreti scomodi. La ragazza ha la necessità di entrare nell'Ospedale Maggiore e precisamente al reparto di Oncologia. Nell'ospedale, mentre è travestita da infermiera, si imbatte in Coliandro e si fa scudo con lui per poter allontanarsi indisturbata, chiedendogli di pranzare insieme. Natasha ha infatti notato di esser seguita da agenti dei servizi segreti siriani ed è perciò costretta a scappar via dal ristorante. La polizia intanto viene investita dai servizi segreti italiani del compito di cercare Natasha insieme ai carabinieri.
Durante un diverbio per una questione di soldi, un uomo viene ucciso e il suo cadavere abbandonato per simularne un suicidio. Assiste alla scena Giacomino, un uomo a tratti infantile ma con grandi capacità matematiche, enigmistiche e di calcolo delle probabilità. Giacomino riceve delle minacce e De Zan, inconsapevole dell'origine di esse, decide di affidarlo alla protezione di Coliandro, per motivi di cortesia con don Roberto, suo vecchio parroco, nella cui canonica vivono ora Giacomino e la sorella Ilaria.
Un cronista di scarsa fama si intrufola con una videocamera nel giardino di una villa in cui si tiene un incontro per concordare un ingente traffico di cocaina proveniente dalla Colombia. Egli riesce a riprendere parte della trattativa, senza però riuscire a registrare l'audio. All'incontro partecipano il proprietario della villa, di origini colombiane, un commercialista italiano incaricato di reperire i fondi per l'acquisto della droga e il fornitore della stessa, un uomo di età avanzata. Lo sfortunato giornalista viene però sorpreso e ucciso, mentre la telecamera viene trattenuta dal Pelao. Coliandro intanto è assegnato per punizione al servizio di scorta dei controllori dei biglietti sui bus urbani. In questo contesto nota una bellissima ragazza sorda, accompagnata da una sua amica.
Coliandro si ritrova svenuto e derubato da due teppisti nel parcheggio di un centro commerciale: appena rinvenuto, riesce ad avere la meglio sui due, mostrando abilità di combattimento mai avute. Tuttavia non ricorda più il suo nome, la sua identità e il motivo per cui si trovi in quel posto. Trova in tasca una chiave di auto, un foglietto con un numero e un contenitore cilindrico sigillato. Tramite il telecomando della chiave, riesce a individuare l'auto in questione e, trovando in essa i documenti di circolazione, l'indirizzo della proprietaria: una giovane e timida ragazza appassionata di informatica.
De Zan affida a Coliandro il compito di svolgere il lavoro di tassista al posto dell'effettivo titolare di un taxi, il quale lamenta di essere perseguitato da atti vandalici. Durante un turno di notte, sul taxi sale una avvenente donna che appare molto confusa e spaventata: è infatti in fuga da un gruppo di criminali legati alla camorra. Questi hanno inviato uno di loro nel palazzo, dove risiede la donna, nel tentativo di intrufolarsi a casa di lei, ma Lucia è riuscita ad uccidere il malvivente e ad impadronirsi della sua pistola.
Nella Questura di Bologna arriva una avvenente psicologa che sta svolgendo una ricerca sui poliziotti coinvolti in episodi di crimine violento. Tutti i colleghi di Coliandro vengono inseriti nella lista dei colloqui con la dottoressa, tranne l'ispettore, il quale, vuoi per curiosità vuoi perché attratto dalla bellezza della donna, contravvenendo agli ordini di De Zan, riesce con un escamotage a proporsi per un colloquio.
Kayo, giovane dottoranda giapponese in storia dell'arte, è testimone involontaria di una spietata esecuzione. Casualmente si imbatte in Coliandro, che decide di proteggerla e di nasconderla a casa sua con Kenzaburo, suo fratello. L'uomo, arrivato dal Giappone in difesa della sorella, è un ex pentito della yakuza, temibile mafia giapponese, che sta dando loro la caccia.
Coliandro sembra essere sul punto di concludere positivamente un'avventura galante. Ma, sul più bello, a casa sua si presenta Giacomino, assonnato, affamato e con le manette ai polsi. La motivazione è incredibile: Giacomino è accusato di essere l'autore di una serie di brutali omicidi. Per aiutare l'amico, Coliandro dovrà dare la caccia al vero serial killer.
Coliandro è costretto per una serata ad essere il partner di ballo della Paffoni. Per sfuggire all'ingrato compito, si ritrova ad indagare sull'omicidio di una giovane cantante. Ad aiutarlo non c'è solo la Paffoni, provetta ballerina, ma anche Natascia, la nuova giovane e bella cantante dell'orchestrina di liscio capitanata dal losco Vasinto e da sua moglie Ersilia detta "Vagona".
In Questura Coliandro conosce Asmareth, giovane e bella mediatrice culturale eritrea che lavora per la polizia. Credendola una clandestina, Coliandro inanella una gaffe dietro l'altra. Per farsi perdonare, accetta di aiutarla in una ricerca che la ragazza sta facendo sul lavoro nero. Coliandro e Asmareth smascherano così una banda che organizza "cacce all'uomo" per annoiati ricconi di provincia.
Aurora, la bella e intelligente figlia di De Zan, si innamora di Coliandro. Quando l'uomo si risveglia dal coma si trova l'Ispettore invitato a cena a casa sua. Intanto la squadra indaga su un uomo misterioso, Salvatore Maria Moneta, detto "il Fantasma" che, grazie alle sue doti di trasformista, riesce sempre a sfuggire alle manette.