Les historiens situent le premier massacre en 38, à Alexandrie, qui abritait une communauté juive florissante, ce qui déchaîna la fureur des Égyptiens. Dès le IIe siècle, l’ardeur du prosélytisme ruine l’entente entre chrétiens et juifs, les premiers accusant les seconds de déicide. En 413, saint Augustin publie La cité de Dieu. Ce livre influera durant près d’un millénaire sur la place dans la morale chrétienne des juifs, "peuple témoin" qu’il s’agit à la fois de protéger et d’assujettir, une idée reprise ensuite par les musulmans. Aux XIe et XIIe siècles se déroulent les premières croisades, qui combattent les musulmans mais aussi les juifs, vus comme l’ennemi intérieur.