ダークプリキュアと戦い、敗れてしまったキュアムーンライトは、次にこころの大樹を守るプリキュアのため、妖精のシプレとコフレにココロパフュームを託します。
わけもわからずプリキュアに変身したつぼみは、キュアブロッサムと名乗りました。プリキュアの登場に、さすがのサソリーナもビックリ。でも、ブロッサムはまだ自分の力をコントロールできません。
友達としてえりかと付き合えるようになったつぼみ。ふたりは仲良く学校の屋上でお弁当を食べることに。そのとき、えりかがキュアムーンライトの夢を見るようになったことを、つぼみに話しました。
デザトリアンが暴れていると知って、駆けつけるキュアブロッサムとキュアマリン。でも、機敏な動きを見せるマリンに対して、ブロッサムはドジばかりで迷惑をかけてしまいます。
つぼみとえりかは学校帰りに、新装開店の準備をしているラーメン屋さんを発見。そのお店は人気の三浦ラーメンの２号店。近所にできると知って、三浦ラーメンが大好きなえりかは大喜びします。
学校の花壇に水をあげる、つぼみとえりか。すると体育館のほうから声が！ それは武道の練習をしていた、いつきの声。いつきの姿を見て思わず喜ぶつぼみの前に、カメラを持った女の子が現れます。
生徒会長のいつきの写真をもらって、つぼみの思いはますます高まります。そんなとき、つぼみのクラスにいつきが訪ねてきました。目的はえりかからファッション部の部員名簿をもらうことですが…!?
えりかの家は朝から大慌て。お姉さんのももかが撮影のため、朝からお出かけするからです。忙しそうにももかのお世話をするお母さんを見て、えりかは思わず「モデルはいいなぁ」とつぶやきます。
HANASAKIフラワーSHOPに小畑という人が訪ねて、つぼみのお父さんに挨拶をしています。つぼみのお父さんは、昔は大学で植物学を教えていて、小畑はその教え子でした。
砂漠の使徒の基地では、サバーク博士が３幹部を集めて怒っていました。プリキュアの活躍によって作戦が次々に失敗し、世界を砂漠にしてしまうことができずにいるからです。
砂漠の使徒に荒らされたお花畑も元通りに。でも、いつまたダークプリキュアが襲ってくるかもしれません。不安に思ったつぼみは、何とか今度こそダークプリキュアに勝てる方法はないかと考えます。
HANASAKIフラワーSHOPに、常連のお客さんである利岡ユウトが来て「永遠に咲き続ける花をください」と言います。それは、特殊な加工をした花のこと。その花で、恋人にプロポーズするというのです。
ゆりはキュアムーンライトがダークプリキュアに負ける夢を見ました。一体どういうことでしょう？ ゆりはお母さんとふたり暮らし。お父さんはこころの大樹を探す旅に出たまま帰ってきませんが…!?
今日のえりかのお弁当はパンだけだったので、みんなからおかずを分けてもらうことに。ひときわキレイだったななみのお弁当を見たつぼみは、思わずななみのお母さんのことをほめますが…!?
いつもりりしい生徒会長いつきは、本当は可愛いものが大好きな普通の女の子。そのことを知っているつぼみは、以前ファッション部に誘いましたが、いつきは忙しいのを理由に入部をしてくれません。
ファッション部に、えりかの友達のあずさが訪ねてきました。あずさは演劇部の部長。演劇のことになると夢中になる女の子です。最初は仲のよかったえりかとあずさでしたが、口ゲンカを始め…!?
おばあちゃんに珍しい花が咲いたから見に来ないかと、植物園に誘われたつぼみとえりか。植物園に到着すると、そこにはおばあちゃんのほかに、ゆりも一緒にいました。そんなときに…!?
プリントを渡すため、番ケンジの家を訪ねることになったつぼみ。えりかはケンジのことを「伝説の番長」だと言って怖がっています。そして、つぼみとえりかは、ケンジの家の前に着きますが…!?
えりかのお父さんの発案で、えりかの家族と一緒に旅行に出かけたつぼみ。到着した農家で畑仕事を手伝い、つぼみとえりかは大はしゃぎ。でも、農家の娘さんで、お嫁に行くことが決まっているアキの表情は暗かった。その理由は？
お昼寝をしていたシプレとコフレは、突然の光にビックリして目を覚まします。ココロポットに貯めていた、こころの種が輝きだしたのです。こころの大樹から新しい妖精ポプリが生まれますが…!?
つぼみとえりかは、こころの大樹から生まれた第３の妖精ポプリを、おばあちゃんに紹介しました。ポプリはこころの大樹を守るためにも、第３のプリキュアを早く見つけなければいけないと言います。
花壇を見ていたつぼみが急にあわてます。ファッション部とかけもちしている園芸部に行くのを忘れていたからです。そこで放課後になってから、ファッション部をお休みして園芸部に顔を出すことに！
ポプリのことをぬいぐるみだと思って抱きしめるいつき。それがきっかけで、ポプリは３人目のプリキュアがいつきだと感じます。いつきの家に行くと言い出すポプリを、つぼみたちは必死に止めて…!?
シャイニータンバリンを取り出した第３のプリキュア・キュアサンシャインは、決め技「プリキュア・ゴールドフォルテバースト」で、デザトリアンを浄化して、お兄さんのこころの花を取り戻します。
お兄さんのさつきの体の具合も良くなって、いつきも大喜び。そんなとき、つぼみとえりかがやってきました。さらに仲良くなるため、つぼみとえりかはいつきをファッション部の合宿に誘います。
ファッション部の夏合宿に参加したいつき。浜辺でみんなと水遊びをしますが、なおみだけが寂しそうな顔で眺めていました。別荘に戻り、みんなで文化祭のファッションショーの準備をしますが…!?
つぼみたちは以前住んでいた家に泊まるためにおばあちゃんと鎌倉へ。途中でみつるという男の子が現れます。彼はつぼみの幼なじみで、引っ越しのときにお別れを言えず、それっきりだったのです。
夏休みに入って学校はどこもお休み。コブラージャはその隙に、砂漠の使徒を使った一大作戦を計画していました。そうとも知らないつぼみといつきは、えりかの家を訪ねます。
教室でドレスを縫っているつぼみ。実は、自転車で京都から旅してきたクラスメイトのゆうきが今日にも帰ってくるので、みんなで出迎えるため学校に集まっていたのですが…!?
夏休みが終わって新学期が始まった。しかし、ポプリはいつきと離れたくないと、学校へ一緒に行きたいとダダをこねる、そんなポプリをつい叱ってしまういつき。だが、ポプリは、そのショックで家出してしまった！
またしても暴れるデザトリアンを浄化して、こころの花を取り戻したプリキュアたち。まさに絶好調なのに、ゆりだけは、いつもどこかさみしげな感じです。つぼみはそのことがとても気がかりでした。
パワーアップしたデザトリアンに勝つことはできましたが、砂漠の使徒も日に日に強くなっています。そこでつぼみたちは、おばあちゃんにプリキュアの力を高めるアイテムについて訊ねます。
つぼみたちは、ついに伝説のアイテムであるハートキャッチミラージュを手に入れた。その能力に、つぼみたちはゆりのプリキュア復活も夢ではないと思う。しかし、それを否定するゆり。その悲しい確信のうらには、妖精コロンとのつらい別れがあった…
コロンの魂の導きによって、ふたたびゆりはプリキュアに変身できるようになりました。ついにキュアムーンライトの復活。ムーンライトにライバル心を燃やすダークプリキュアは怒り心頭で…!?
学園祭の準備にみんな大忙し。ファッションショーの準備でえりかはパニック寸前。いつきは生徒会長としての仕事があり、部員もクラスの出し物があって、ファッション部のことを手伝えません。
ついに学園祭の日が来ました。つぼみは緊張のあまりドジばかり。クラスでやっている喫茶室のお手伝いをするつぼみとえりかでしたが、お父さんやお母さんたちが来ていてビックリ!!
学園祭も終わり、ホッとしたつぼみたちは植物園でお茶をしていました。そこに突然、何かが空から降って来ます。怪物は目から怪光線を出して、花を枯らし、緑の大地を砂漠に変えていきます。
砂漠の使徒の支配者・デューンが、砂漠の種・デザートデビルを地球に送りこみます。この強敵に勝つため、プリキュアたちはハートキャッチミラージュの作り出した最後の試練を受けることにします。
プリキュアたちはスーパーシルエットの力を手に入れました。こころの大樹も元気を取り戻し、シプレたち妖精も大喜び。妖精たちは頑張ったプリキュアに何かプレゼントをしようと考えますが…!?
えりかの母が開くショップのお披露目ショーにモデルとして出演するため、パリに来たつぼみたち。そのパリでは謎の狼男の噂でもちきり。そんな中、つぼみたちは不思議な少年オリヴィエと出会う。そして最強の敵・サラマンダー男爵がつぼみたちの前に現われ…。
今日もプリキュアに負けたサソリーナ。その心に変化が生まれていました。聖なる光を浴びて邪悪な心が薄れていたのです。その頃、いつきは生徒会長をやめることをつぼみとえりかに伝えていました。
植物園でプリキュアのマネをする妖精たち。それを見ていたつぼみたちを、ななみとるみの姉妹が訪問。いつも来ていた人形劇団が来られなくなり、保育園のみんなが落ち込んでいるそうです。
植物園でお花に水をあげるゆり。つぼみたちは、そのしぐさをマネします。ゆりのような大人の女性に憧れているのです。誰かの気配を感じて植物園の外に出ると、草むらに１通の封筒が落ちていて…!?
お母さんが入院したと聞き、つぼみは病院へ。同じく駆けつけたお父さん。ところが、お母さんはうれしそう。不思議に思うつぼみとお父さんに、お母さんは赤ちゃんができたことを伝えます。
植物園のモミの木はクリスマスツリーに大変身。ツリーを見ていたえりかが、１枚の短冊に気づきます。まるで七夕の短冊のように、「プリキュアに会えますように」とお願いが書いてありました。
ついにプリキュアたちの前に、砂漠の王・デューンが現れました。キュアフラワーを連れて行こうとするデューンに対して、キュアブロッサムたちは果敢に挑みます。しかし、デューンは強敵で…!?
おばあちゃんを助けるため、砂漠の使徒の本拠地・惑星城へと乗り込んだプリキュアたち。襲いかかるスナッキーの大軍をけ散らしていると、クモジャキーとコブラージャが現れました。
ついに惑星城の中にいるおばあちゃんを助けたキュアブロッサム。おばあちゃんからキュアムーンライトとサバーク博士を戦わせないよう頼まれ、ブロッサムはムーンライトのもとへ向かいます。
プリキュアが惑星城で戦っている頃、地球にはデザートデビルたちが現れていました。キュアムーンライトはダークプリキュアとの決着をつけることができましたが、月影博士の顔は沈んだままで…!?
プリキュア・ハートキャッチ・オーケストラが、砂漠の王デューンにさく烈します。これでようやく、地球に平和が戻ってくるかと思われました。ところが、デューンはまだ立ちあがってきます。
消えたシプレとコフレを追って海上に浮かぶ遊園地・フェアリーパークに来たつぼみとえりか。シプレたちと無事再会するも突然怪しげな影が出現し園内は大混乱。遊園地の宝物・レインボージュエルが狙われたのだ。この危機にプリキュアたちが続々と登場する！
