Kurz nach seiner halsbrecherischen Rettungsaktion, um Audrey (Emily Rose) aus der zusammenbrechenden Scheune zu befreien, findet sich Duke (Eric Balfour) unvermittelt in Boston wieder und zwar sechs Monate später. Jennifer (Emma Lahana), eine Frau mit einer mysteriösen Verbindung zu Haven, hilft Duke wieder nach Hause zu kommen. Indes versucht ein Fremder (Colin Ferguson) Audrey bei ihrer Identitätsfindung zu helfen.
Duke is ejected from the barn and rescued by a young woman; Audrey is missing and the Troubles are worse than ever.
Six mois après les évènements de la saison passée, Duke est éjecté de la grange sans Audrey et secouru par Jennifer, une jeune femme ayant une mystérieuse connexion à un endroit où elle n'a pourtant jamais mis les pieds: Haven.
De retour dans cette ville où lui et Nathan ne sont désormais plus les bienvenus, ils doivent imaginer un plan pour venir au secours de leur amie disparue.
Celle-ci, à des kilomètres de là, possède une nouvelle personnalité. Lexie, comme elle pense s'appeler, travaille dans un bar et est dotée d'un fort caractère. Elle va rencontrer un homme mystérieux, William, qui se dit être là pour l'aider à savoir "qui elle est réellement".
Dopo la scomparsa del "fienile" molti avvenimenti sono accaduti ad Haven: Duke, che al momento della caduta delle meteoriti si trovava nel fienile in cerca di Audrey, precipita in un varco spazio-temporale e riappare in una vasca dell'acquario di Boston, 6 mesi dopo i tragici eventi. Inizia così a cercare delle spiegazioni e, grazie a Jennifer (una giovane che mesi prima aveva iniziato inspiegabilmente a sentire delle voci su Audrey, Nathan, Duke e la città di Haven) scappa dall'ospedale in cui si trova. Giunti ad Haven, Duke e Jennifer trovano Nathan che si è dimesso da capo della polizia e, sconvolto dalla scomparsa di Audrey, vive di espedienti. I tre iniziano le loro ricerche, mentre la Guardia rimane sospettosa e non si fida dell'operato di Nathan. Nel frattempo, Audrey (o una nuova "versione" della ragazza) appare nelle veste di cameriera in un misterioso e sconosciuto locale.
Спустя шесть месяцев после исчезновения амбара Дюк таинственным образом появляется в Бостоне. Он встречает Дженнифер Мейсон, которая может слышать голоса из амбара. Она рассказывает, что Говард сообщил Одри другой способ покончить с бедами. Вместе они отправляются в Хейвен и обнаруживают, что за прошедшие шесть месяцев там изменилось очень многое: Нейтан уволился из полиции, многие жители пострадали от метеоритного дождя, а Нейтан винит в этом себя. Шерифом Хейвена стал Дуайт, а за Нейтаном охотятся Джордан и «Стражи», жаждущие его смерти. Дюк застаёт в «Чайке» своего брата — Уэйда Крокера, который ничего не знает о семейном проклятии. В то же время человек по имени Уильям знакомится с барменшей Лекси, которая выглядит точь-в-точь как Одри Паркер.
Duke es expulsado de la granja y se encuentra seis meses después de los acontecimientos de la tormenta de meteoros. Allí conoce a Jennifer, una joven con una misteriosa conexión a Haven. Audrey ha desaparecido y los problemas son peores que nunca.
Duke é expulso do celeiro e resgatado por uma jovem; Audrey está desaparecida e os problemas estão piores do que nunca.