下町にある初森公園は、住人たちに愛される憩いの場。ある日、女子高生のななまる(西野七瀬)、ショパン(生田絵梨花)、コテ(高山一実)が公園で恋愛話に花を咲かせていると、重機を載せた数台のトラックが現れ…、地上げ屋のセレブ都市開発が「再開発のため公園を取り壊し、マンションを建てる」と宣言する。 ななまるたちは“私たちにとって大事な公園だ”と反発するが聞き入れられない。すると、権田原の娘・キレイ(白石麻衣)が現れ、近く開催されるソフトボール大会に出場し、自分たちのチームを倒したら、再開発を白紙に戻すという約束を突き付ける。やむを得ず勝負を受けて立つななまるたちだったが、実はキレイ率いる聖ポラリス学園は、高校ソフトボール最強チームだった！こうして、ソフト未経験の少女達が最強チームに挑む無謀な戦いが幕を開ける！…が、ソフトボールが何人でやるスポーツかも知らない下町少女達は大会に出場するための仲間探しに大苦戦…。
どうにか学校でソフトボール部の承認を得られたななまる(西野七瀬)たちは、監督探しを始める。ななまるの母・蘭子(いとうまい子)から駅前のスナックに監督経験のあるマスターがいると聞いたななまる、ショパン(生田絵梨花)、コテ(高山一実)は、早速店を訪ねる事に。 ところが店内に入ると、そこはオカマバー。３人は戸惑うが、店のママこそ、探していた人物・鎌田(手塚とおる)だった。しかし本人は人違いだと言って認めない。その理由について、かつて教え子にケガをさせてしまい、ソフトボール部の監督を辞めさせられたからだと、店員に聞いたななまるたちは…。
ソフトボール大会のトーナメント表を見たななまる(西野七瀬)たちはがく然とする。 順当に勝ち上がっても、「初森ベマーズ」が、キレイ(白石麻衣)率いる「聖ポラリス学園」とあたるのは決勝。つまり公園を取り戻すには優勝するしかないのだ。 不安が募る中、まずは初戦「日京女子学院」との試合に集中するべく、鎌田(手塚とおる)の厳しい練習に取り組む。 ところがその日の夕方、イマドキ(若月佑美)が仲間のケンカに巻き込まれ、警察に補導されてしまう。このままでは人数が足りず試合に出場できない…。 困ったななまるは、チームに加入してもらおうと、マルキュー(橋本奈々未)のもとへ向かう。そんなマルキューにはある隠された過去があった…。
マルキュー(橋本奈々未)の活躍もあり、初勝利を収めた「初森ベマーズ」。しかし「聖ポラリス学園」は１８２対０で初戦を突破していた。格の違いを実感するベマーズたち。司法浪人(坂本真)はベマーズの力になろうと、次の対戦相手の資料を入手。全員元新体操部という体の柔らかさを活かした練習の映像を見て、一同ぼう然となる。 そんな中、ななまる(西野七瀬)とコテ(高山一実)は、近頃様子がおかしいショパン(生田絵梨花)のことが気になっていた。後をつけてみると、ピアノの先生に激怒されているショパンを目撃。さらに親に内緒でソフトボールをしていることを知り、余計なことに巻き込んでしまったのではと思い始める。
演劇部の稽古場をのぞいたななまる(西野七瀬)、コテ(高山一実)、ショパン(生田絵梨花)は、アカデミー(生駒里奈)の圧倒的な演技力に驚く。 ところがソフトボールの練習になると一転、シート打撃で監督の鎌田(手塚とおる)から「これが打てなきゃ負け決定」と言われた途端、アカデミーは小鹿のように震え出し、顔が真っ赤に。実はアガリ症で、演劇だと平気でも、そのほかのプレッシャーに弱かったのだ。次の対戦は気品あふれる「ベルサイユ音楽学校」。全国から注目を集めるチームで、鎌田曰く、このままではそのオーラに圧倒されて負けるという。特に先頭打者のアカデミーにかかっているとはっぱをかけるが、本人は「私は無理」と逃げ腰で…。
ある日の練習帰り、コテ(高山一実)は突然、通りかかった男子に駆け寄る。コテが恋心を抱く、他校の剣道部の佐々木幸次郎(真剣佑)だ。 しかもソフトボール大会に出場していることを知る佐々木に「練習見に行っていい？」と言われ、舞い上がったコテは、今度こそ運命の人だと宣言する。 次の対戦相手は俊足揃いの特急軍団「県立凸Ｑ高校」。日々練習に力が入る中、佐々木が見学にやって来る。熱心にベマーズを見つめる様子に、メンバーは本当にコテに気があるのではと色めき立つ。そしてコテは佐々木幸次郎への告白を決意する。
外国人選手で固める強豪「須決闘インターナショナルスクール」との対戦に向けて、河川敷で練習に励むベマーズ。その時、停車した高級車から、キレイ(白石麻衣)が降り立つ。偶然通りかかったというキレイは、練習風景を見るなり“生ぬるい”と一蹴。しかも「あんな公園、もういいじゃない」と言い放つが、思い出がいっぱい詰まっている大切な場所だとななまる(西野七瀬)が反論すると、なぜか寂しげな表情を浮かべながら、その場を立ち去る。 キレイが向かったのは、この日が命日である母親・ウララカ(伊藤裕子)の墓。頭を駆け巡るのは、亡き母との思い出。一方で、当時も今も仕事優先で母の事を忘れたかのような父親・権田原(津田寛治)への憤りを隠せずにいた。そして車に戻ったキレイは、運転手に初森公園へ行くよう指示する。
成績の悪さから退学を宣告されたイマドキ(若月佑美)。退学となればベマーズにいられなくなる。追試で全科目80点以上を取れば免除すると言われたイマドキは、追試を受ける決意をする。 しかし追試はソフトボール大会の試合と同じ日。しかも次の相手「磨黒水産女子高校」は打者全員が年間100本のホームランを打つ、かなりの強敵だという。イマドキがいない上に強豪…。不安を覚えたななまる(西野七瀬)は、監督の鎌田(手塚とおる)に変化球を教えて欲しいと頼み込む。鎌田は友人で、天才投手と言われたソフトボール日本代表の上野(上野由岐子)の変化球をななまるに覚えさせようとする。一方、ブナン(桜井玲香)から勉強を教えてもらっていたイマドキのもとに、かつての仲間が現れて…。 変化球の習得に挑むななまる。追試に向けて勉強に励むイマドキ。二人の、そしてベマーズの闘いの行く末は？
禁断の変化球を習得したななまる(西野七瀬)。しかもなぜか試合が生配信されていて、ななまるの好投に動画閲覧数がどんどん上昇する。偶然目にした追試中のイマドキ(若月佑美)も、その様子を見守っていた。 試合はこう着状態が続き、「磨黒水産女子高校」も魔球“魚群ボール”を投げ始めるなど、本気を出し始める。そして、0対0のまま迎えた最終回。“魚群ボール”の弱点に気づいた鎌田(手塚とおる)は、次のバッターのユウウツ(松村沙友理)にあるアドバイスをする。鎌田の秘策で、ベマーズは決勝へ進むことができるのか？ 一方、ポラリス学園のキレイ(白石麻衣)は、父・権田原(津田寛治)が亡き母のことを忘れた訳ではないと知り、父との距離が縮まりかけるが、突如、愛人(原史奈)が出現。再びキレイは心を閉ざしてしまう。
ついに決勝まで勝ち上がった「初森ベマーズ」。「聖ポラリス学園」との対戦が1週間後に迫る中、変化球をシェリー(衛藤美彩)にあっさり打たれてしまったななまる(西野七瀬)は、自分たちだけの魔球を生み出すしかないと燃え上がる。 しかし、なかなかいい案が浮かばない。出てくるアイデアは、どれも実現不可能なものばかり。ななまるの強い思いを察したハーバード(秋元真夏)は、自分の知識を総動員して必ず魔球を発明することを誓うのだが…。果たして「聖ポラリス学園」に勝つための新魔球は、試合までに誕生するのか！？ 一方、キレイ(白石麻衣)は権田原(津田寛治)が乗る車の中にいた。権田原の愛人・彩乃(原史奈)がいるのを知っているにも関わらず自ら乗り込み、「途中まで乗せて」と言うキレイだったが…。
決勝戦前日。ななまる(西野七瀬)の魔球が完成し盛り上がる「初森ベマーズ」。 しかし魔球を投げることで、ななまるの肩は悲鳴をあげていた。医師の診断結果は「インピンジメント症候群」。今すぐ肩を休めないと日常生活に支障をきたすと言われてしまうが、ななまるは「大丈夫」と自分に言い聞かせ、病状を隠したまま投げ抜く決意をする。 ところが自宅に帰ると、店内から聞こえてきた大工の棟梁(諏訪太朗)の話を立ち聞きしてしまい、がく然とする。「(ななまるの父親は)女を作って出て行った」…戻ってくることを信じていたななまるはショックを受け、公園を守ることへの意味を見失ってしまう。 その頃、キレイ(白石麻衣)は、権田原(津田寛治)から彩乃(原史奈)と再婚の意思があることを告げられていた。しかも「母親を忘れろ」という父親の言葉に、憤りを隠しきれないキレイは…。 喜び、哀しみ、苦悩――それぞれの思いが交錯する中、ついに運命の決勝戦を迎える！
ついに「第46回高校対抗女子ソフトボール選手権」の運命の決勝戦が始まった。ポラリス学園圧勝ムードの中、ななまる(西野七瀬)の魔球『すんどめ』は、キレイ(白石麻衣)らをあ然とさせる。一方ベマーズも、キレイの炎の魔球『ファイヤーウィンドミル』に手も足も出ない。無謀と思えた“17連覇の王者vs素人集団”の対決は、予想に反して一進一退の攻防戦となる。 ところが五回表、『すんどめ』を捉えたキレイに、ついにホームランを打たれてしまう。しかも痛みを隠し続けたななまるの肩は、熱で湯気が出るほどの極限状態を迎えていて…！ 最後の戦いにして最大の危機！ななまるは投げ続けられるのか？そして大切な公園を取り戻すことはできるのか？
