Mentre Shiro sperimenta il suo nuovo Junior Robot, la Marchesa Yanus, dalla base avanzata sferra un potente attacco alla fortezza delle scienze con un potente mostro guerriero. Tetsuya è ancora ferito dallo scontro precedente e nopn può entrare in battaglia. Ma quando Boss, Venus e Junior vengono sopraffatti il giovane eroe non riesce a starsene con le mani in mano e prende i comandi del Grande Mazinga. Il mostro viene sconfitto e i compagni tratti in salvo ma la fortezza nemica è ancora attiva.
「ボス、僕も連れて行ってくれ！ 鉄也兄ちゃんの仇を討ちたいんだ！」(シロー) 鉄也が深手を負った今こそチャンスだと、ヤヌス侯爵は再び科学要塞研究所を襲撃した。研究所はビューナスAのパワーアップとシロー専用ロボット・ロボットジュニアの開発を進めていたが、まだ作業は完了していない。ロボットジュニアで脱出したシローは、ボロット改造中のボスに助けを求め、共にヤヌス軍の迎撃へ向かった。
