Sul mare orientale della Cina compare una tempesta, generata da Mikeros. Naturalmente è un trucco del Generale Nero per attirare Mazinga lontano dalla fortezza delle scienze per attaccarla mentre incustodita rimane prima di difese. Sfortunatamente Tetsuya esce in ricognizione per capire la causa delle maree che provocano onde giganti contro la costa. Mazinga cade in trappoa: attirato sul fondo del mare viene attaccato dal mostro guerriero mentre Mikeros si dirige verso la fortezza che viene attaccata con onde di incredibile potenza distruttiva. Venus e Boss robot intervengono per salvare la fortezza mentre Tetsuya riesce a danneggiare seriamente il mostro ma deve abbandonare il campo di battaglia per andare a salvare la fortezza. La base infatti viene salvata per miracolo, grazie a Mazinga che riesce a opporsi all'astronave nemica e scacciarla con l'aiuto di Boss e Venus, nonostante il ritorno del mostro guerriero redivivo.
「飛田博士の無念を晴らしてやる！」(鉄也) 暗黒大将軍の襲撃で被害を被った研究所はいまだ修復の途中。飛田博士を失った痛手も癒えていない。これを絶好のチャンスと、暗黒大将軍は超人将軍ユリシーザーと戦闘獣ハーキュリーズを差し向ける。激しい海中戦を展開するグレートマジンガー。総攻撃を仕掛ける万能要塞ミケロス。鉄也たちは飛田博士の無念を晴らしたい！
