Il Generale Nero invia i generali Drayato e Scarabeth per attaccare la fortezza con due mostri guerrieri. La fortezza intercetta l'attacco e il prof Kabuto decide di far uscire solo Venus, per impiegare il Grande Mazinga in caso di estrema necessità. Venus intercetta il primo mostro, giunto nei pressi della base ma anche Tetsuya deve intervenire per bloccare in nemico giunto dalle profondità marine per attaccare la Fortezza.
Boss corre in aiuto di Venus ma anache in coppia non riescono a mettere in difficoltà il mostro. Il mostro subacqueo riesce a superare Mazinga e attaccare la fortezza che risponde con missili a raffica e immergendosi in profondità. Tetsuya si riprende e stavolta per il mostro non c'è scampo. Una volta sconfitto il primo accorre in aiuto degli amici e anche il secondo mostro viene distrutto facilmente.
「いつだって自分の運命を切り開かなきゃいけねえんだぞ!」(鉄也) 自分が本当の父であるとシローに名乗れず苦悩する剣造所長。甲児の帰りを待ちながら、自分も強くなろうと決心するシロー。甲児を誇りに思うあまり、鉄也に反発心を抱くボス。それぞれの葛藤と心の成長がせめぎ合う中、ミケーネの新たな研究所襲撃作戦が開始された。バリアも限界というギリギリの局面に、一同は…!