「あなたは誰？必ず家に帰してあげるからね」――。どこの誰かもわからない“名もなき遺体”の身元を特定し、家族のもとに帰すことが仕事の『警視庁身元不明人相談室』。捜査官の三田みた桜さくら（小芝風花）は、誰も行きたがらない地味な部署に自ら志願して配属された変わり者。10歳上の生真面目な同期・月本つきもと真まこと（大島優子）とは性格も趣味もまるで正反対。顔を合わせれば言い合いばかりだが、一人でも多くの身元不明者を家族のもとに帰してあげたい気持ちは一緒。そんな２人とは裏腹に、上司の利根川（吉田鋼太郎）や、堀口（戸次重幸）、武藤（半海一晃）相談室のメンバーは無気力で緊張感ゼロ……。 のんびりムードの相談室に、珍しく捜査一課と科捜研の若き両エース･手嶋（阿部亮平）と菜津（柳美稀）が捜査の協力を求めにやって来る。なんと、都内の中学校にあった人体骨格模型が本物の人骨だったのだ。鑑定の結果、その白骨は約１年前に亡くなった人のもので、殺人の可能性もあるという。「被害者の推定年齢は20代後半から30代の男性」――菜津の報告に、真は思わず息をのむ…。一方の桜は「やったりましょう！白骨遺体の身元、うちらが絶対突き止めましょう！」と、やる気満々！ その直後、事態は急転。中学校の理科教師・西川（坂本真）が、遺体を標本にするため薬品で白骨化させたことを認めたのだ。標本マニアの西川は、動物の死骸を探すために入った奥多摩の山中で、見ず知らずの男性が崖から飛び降りるところを目撃。人間の標本を作る絶好のチャンスと見て、その遺体を持ち帰ったが「殺してはいない」と言う……。 桜たちは、科捜研の早瀬所長（高島礼子）の協力を得ながら西川が持っていた遺留品を頼りに遺体の身元を突き止めることに成功。ところが……男性の妻は「違います、夫じゃありません」と、なぜか遺体の引き取りを拒否して……。男性は本当に自殺！？家族が引き取りを拒否するワケは！？桜＆真の年の差バディが真相究明に奔走する…！！
“名もなき遺体”に残されたわずかな手掛かりから身元を特定し、家族のもとに帰すことが仕事の『警視庁身元不明人相談室』。捜査官の三田みた桜さくら（小芝風花）と月本つきもと真まこと（大島優子）は、性格も趣味もまるで正反対の年の差バディ。そんな2人が新たに向き合う身元不明人は犯罪者……！？ 都内のアパートの一室で見つかった身元不明のご遺体。推定70歳から80歳の男性で、死因はくも膜下出血。アパートの大家によると、男は先代の大家の頃から40年も住み続けている古い住人。当時の賃貸契約書も残っていないため、『綾部雪雄』という名前しか知らないという。身元がわかる所持品も何一つ見当たらない。しかし、部屋に唯一残されていたボストンバッグの中には、4000万円もの大金が入っていた……！ 雪雄（片岡鶴太郎）は日雇いの仕事で食いつないでいたようで、詳しい勤務先は不明。大家が把握しているのは、13年前の震災直後に半年間、福島県で住み込みの仕事をしていたことぐらい。近隣住民との交流もほとんどなく、八百屋で野菜のくずをもらう雪雄のことをホームレスだと勘違いしていた者もいて……。 そんな質素な暮らしぶりの老人がなぜ大金を所持していたのか？お金の出どころを巡って桜と真の意見が真っ向から対立。「何かの犯罪行為で手に入れたお金では？」と疑う真は、手掛かりを求めて福島へ向かうが、そこで捜査一課の手嶋（阿部亮平）とバッタリ鉢合わせ。実は真と手嶋には、福島に特別な思い入れがあり……。 一方の桜は「お金は必死に貯めたものだと思う」と老人の潔白を信じて捜査を続けるが、『綾部雪雄』の名が偽名だったことが判明……！さらに、半年前に起きた宝石店強盗事件との接点も見つかって……。 質素な暮らしをしていた老人が大金を持っていたワケは！？遺族はどこに！？老人の、思い続けた40年の年月に涙があふれる第2話！！
『警視庁身元不明人相談室』に、相談者の佐伯太一（葵揚）がやって来る。3年前に突然失踪した婚約者・田中美江よしえ（東野絢香）の行方を捜している太一は、美江が身元不明の遺体として発見されていないか確認するため、暇を見つけては相談室に顔を出すのだ。今やすっかり太一と打ち解けた三田みた桜さくら（小芝風花）と月本つきもと真まこと（大島優子）も、「元気で戻られることを、祈っています」と、美江の帰りを待ち望んでいたが――。 桜たちの願いも届かず、美江は海辺で水死体となって発見された。しかも美江は失踪中に別の男性と結婚していたようで、名前が“峯岸美江”に変わっていた……！ 現場近くの崖の上から美江の遺書が見つかり、美江の死は自殺と断定された。しかし、遺体と対面した太一は「違います……美江じゃありません」と、現実を受け止めることができず……。一方、半年前に美江と結婚した夫･峯岸晃あきら（長田成哉）の話では、結婚直後から美江の行方が分からなくなっていたという。 「美江さん、何を苦しんでいたのかな」……婚約者の前からも夫の前からも姿を消した美江の気持ちに思いを巡らせる桜と真……。そんな中、交友関係もほとんどなかった美江の葬儀に、人気インフルエンサー『RILIKA』こと小澤梨々香りりか（山本美月）が現れ、事態は急転！梨々香の姿を見た太一は、途端に態度を一変させて美江の死を受け入れると、梨々香を待ち伏せし、カッターナイフで襲いかかった……！ 失踪を繰り返していた美江の身に一体何が！？人気インフルエンサー・梨々香との関係は！？太一が豹変したワケは……！？謎だらけの怪事件を追う桜と真は、全てが一つにつながる衝撃の真相にたどり着く！！
茨城県の山中でバイクの単独事故が発生。運転していた若い男性は搬送先の病院で死亡が確認された。身元が特定できなかったため、桜さくら（小芝風花）たち『警視庁身元不明人相談室』が行方不明者リストと照合した結果、男性は両親から行方不明者届が出されていた大学生の葉山聡（濱田龍臣）であることがわかった。バイクが盗難車だったことから犯罪の匂いも漂うだけに、ご遺族に報告するのは気が引けるが……桜と真まこと（大島優子）は重い足取りで聡の両親の元へ向かう。 聡の父・義彦（桜井聖）と母・晶子（中島ひろ子）は、1年前から聡と連絡が取れなくなっていたが、10日ほど前に聡から突然、『お守り』の入った封筒が送られてきたという。そのお守りを見せられた真は驚き尋ねる、「葉山さん、福島に住んでいたことは？」。真の予想通り、葉山家は13年前まで福島県に住んでいたという。お守りは福島の神社のもので、聡が子どもの頃に誰かからもらったものらしい。桜は、お守りを見て動揺する真のことが気になって……。 「私も福島で買ったの。慎一さんと一緒に」――その夜、桜は真から初めて過去を打ち明けられる。真には慎一（福田悠太）という婚約者がいたこと、出版社を辞めて故郷の福島に帰った慎一が東日本大震災の日から行方不明になっていること――。「あの時から、私は止まったまま。彼が生きてるのか死んでるのかもわからない」と前に進めないでいる真に、桜は「もしかしたら、お守りは聡くんが慎一さんにもらったものかも」と言う。だとしたら、聡のことを調べれば慎一の手掛かりがつかめるかもしれない……。真は「やめて！ 傷つきたくない」と真実と向き合うことを拒絶するが、桜は居ても立ってもいられずに走り出し……！！ 聡はなぜ行方不明になっていたのか！？お守りに隠された真相は！？慎一の消息は！？真の止まっていた時間がついに動き出す！！
桜（小芝風花）がいつものように名前のない墓石に向かって手を合わせていると、珍しく利根川とねがわ（吉田鋼太郎）がやって来る。「もう、9年になるか」と桜の隣で手を合わせる利根川。すると桜のスマホに母から着信。でも、桜は電話に出ようとしない。9年前、桜の身に起こったことを、利根川だけは知っているようで……。 桜たち身元不明人相談室に、3日前に都内の商店街で突然倒れて亡くなった中年女性（阿南敦子）の身元調査依頼が舞い込む。死因はくも膜下出血で、所持品は小銭入れと自転車の鍵だけ。側頭部に新しい傷痕が見られたが、監察医によるとくも膜下出血とは無関係で、事件性はナシ。 女性は意識を失う前に「さとう」とつぶやいたらしいが、桜たちが商店街の防犯カメラ映像をたどって身元を突き止めた結果、女性の名は佐藤ではなく高倉桐子だと判明。死後3日もたっているのに捜索願が出されていないことから、身寄りのない一人暮らし……と思いきや、桐子のSNSには、この春に医大を卒業したばかりだという娘との仲むつまじい写真が投稿されていた。桜と真まこと（大島優子）は「一刻も早く知らせてあげないと」と高倉家へ急ぐが、あろうことか、娘・紀子（久間田琳加）は自宅で手首を切って自殺を図っていた……！ 子は一命を取り留めたものの、医大卒は母・桐子の真っ赤なウソで、紀子はこの7年間、医学部を受験し続け、合格すらしていなかった。にもかかわらず、桐子は近所の人に「娘は医大に通っている」とウソをつき、夫とも5年前に離婚。桜は、母親のエゴが紀子を追い詰めたに違いないと決めつけ、亡くなった桐子を「最低な母親」と非難。一方の真は、紀子の境遇に感情移入しすぎる桜の過去が気になって……。 そんな中、桐子の死と紀子の自殺未遂は意外な展開へ！さらに、桜の部屋に母・葉月（鈴木杏樹）が訪ねて来て、真も知らなかった桜の過去が明らかに！9年前、桜の身に一体何が！？
新宿の雑居ビルの屋上から少女（白本彩奈）が飛び降り、命を絶った。所持品もなく身元は不明だが、少女の地雷系メイクとファッションから、トー横キッズの可能性が高い。もし彼女が家出していたなら、ご家族が捜しているかもしれない……桜さくら（小芝風花）と真まこと（大島優子）は、身元につながる手掛かりを探すため、武藤むとう（半海一晃）が描いた似顔絵を手に新宿歌舞伎町のトー横へ向かう。 しかし、警察を嫌うキッズたちは、桜たちが話し掛けても空返事をするだけでまともに相手をしてくれない。唯一わかったことは、亡くなった少女がキッズたちの間で『キイちゃん』と呼ばれていたことだけ。彼女の本名や連絡先を知る者は誰もない……それがトー横では“当たり前”なのだとキッズたちは口をそろえる。 途方に暮れる桜と真の前に、科捜研の所長･早瀬はやせ（高島礼子）が現れる。早瀬は日頃からトー横に通い詰め、キッズたちの悩み相談に乗っているらしい。「どうしてそんなこと？」と尋ねる桜に、「ちょっとした罪滅ぼしね」と意味深な返事をする早瀬は、キッズたちと話がしたければ、ありのままの彼らを知ることが先決だと言う。 そんな中、キイちゃんと親しかったという地雷系メイクにマスク姿の少女ハルピ（莉子）を見つけた桜と真は、ハルピが持っているキイちゃんのスマホを見せてもらおうとするが、「ありえないし」と拒絶されてしまう。「キイちゃんは、家になんか帰りたくないよ、絶対に」と、遺骨を家族の元へ帰すことに反対するハルピは、それきり口を閉ざし……。ハルピともっと話がしたい桜は、「まずは自分がトー横のみんなのありのままに、なる」と意を決し、地雷系メイクで歌舞伎町に現れる！！ 昨日まで笑っていた少女が突然命を絶ったのはなぜ！？真相解明に奔走する桜と真！その裏で、身元不明人相談室には不穏な空気が漂い始め――。
身元不明人相談室に、1匹の柴犬がやって来た。2日前に都内の路上でご遺体となって発見された身元不明の女性（大後寿々花）の遺留品ならぬ“遺留犬”だ。司法解剖の結果、女性の死因は急性大動脈解離。犬の散歩中に不幸にも息を引き取ったもので事件性は認められないが、遺体発見時に現場から走り去る人影が目撃されていることから、桜さくら（小芝風花）と真まこと（大島優子）は何やら裏がありそうな予感がして……。 女性の左手薬指に指輪がはめられていたため、既婚者か、あるいは恋人がいるかもしれない。一刻も早くご遺体を帰してあげようと手掛かりを探す桜は、柴犬の首輪に『MAKOTO』の文字を発見。どうやら柴犬の名前は『マコト』のようで……。「道理で融通の利かなそうな顔してる」とつぶやく桜を、「どういう意味かな？」と睨む真。そんな中、SNSを調べていた堀口ほりぐち（戸次重幸）が、マコトの写真をアイコンに使用したアカウントを見つける。ご遺体のアカウントに違いないが、調べを進めていくうちに、事態は予想外の方向へ……。 女性は『チアキ』という名前で、婚活アプリを使って複数の男性と会っていた。しかも不可解なことに、男性たちが話すチアキの印象は、それぞれ全く異なるものだった。ある男性の前では物静かな博物館の学芸員、別の男性の前では明るくておしゃべりな会社員、また別の男性の前では情熱的なヨガのインストラクター……。性格も職業も趣味もバラバラで、誰もチアキの本名や出身地を知らないという。これってもしかして……結婚詐欺師！？ 事件のにおいが漂う一方、このままチアキのご遺族が見つからなければ、柴犬マコトは保健所行きになり、最悪の場合は殺処分も……。なんとしても身元を突き止めたい桜と真は、マコトを連れて走り回るが……。 身元不明のご遺体は結婚詐欺師！？愛犬に託した思い……彼女が本当に帰りたい場所とは！？
捜査一課の手嶋てしま（阿部亮平）が、夜道で若い2人組の男に襲われ、拳銃を奪われた。その直後、手嶋を襲った犯人のうちの1人が拳銃で撃たれて死亡した――。 そんな重大な事件が起きているとは知る由もない桜さくら（小芝風花）たち身元不明人相談室に、捜査一課から身元特定専従班として捜査に加わるよう協力要請が舞い込む。ご遺体は20代の若い男性で、至近距離から拳銃で頭部を撃ち抜かれ即死。捜査一課は殺人事件として犯人の行方を追っているという……。 ご遺体の上半身に入れ墨が彫られていたことから、暴力団員の可能性が高い。すると入れ墨を見た武藤むとう（半海一晃）が、「こいつは倶利迦羅紋紋ですか」。実は元マル暴の武藤。その入れ墨の特徴から、現場付近に事務所を構える染野組の構成員に違いないと言う。いつもなら威勢よく飛び出して行く桜も「さすがにヤクザ事務所は……」とおじけづくが、みんなに言いくるめられ、武藤と2人で染野組を訪ねることに……。 ところが、組長の染野（泉谷しげる）をはじめ組員たちはご遺体の写真を見ても「知らない」の一点張り。桜は、そんな染野組の事務所に“ある違和感”を覚えて――。 一方、真まこと（大島優子）は、捜査一課の沙耶香さやか（川瀬莉子）を問い詰めて事件の経緯を聞き出すと、桜を連れて自宅謹慎中の手嶋を訪ねる。どんな理由があろうと警察官が拳銃を奪われるなどあってはならない……「僕は刑事失格です。きっと彼は、僕の拳銃で……」と自責の念に駆られる手嶋に、真は「私たちを信じて」。犯行に手嶋の拳銃が使われたと決まったわけではない。手嶋を救うためにも、次の事件が起きる前に絶対にご遺体の身元を突き止め、拳銃を取り戻すことを約束する桜と真！果たして事件の真相は――！？
