今日もアンパンマンにやられてしまったばいきんまん。ばいきん仙人から不思議な力を秘めたメコイスの壺の話を聞かされ、その壺を探しにドキンちゃんと共に出掛ける。その頃、ばいきんまんと同じく壺を探していた女の子・ヤーダ姫と相棒のレッサーは、ついにメコイスの塔で壺を見つける。しかしそこに新兵器・だだんだん3号を操縦したばいきんまんが現れて壺を奪われてしまった。アンパンマンに助けられたヤーダ姫は、パン工場で身体を休めた後、再び壺を取り戻す為にアンパンマンやジャムおじさん達と共にばいきんまん達を探しに向かう。ところが、ばいきん仙人からもらった変身玉で色々な怪獣に変身したばいきんまんがアンパンマンに襲いかかる。アンパンマンとヤーダ姫はしょくぱんまん、カレーパンマン、ジャムおじさん達の助けによりばいきんまんから壺を無事に取り戻し、ヤーダ姫の祖国・ヤーダ国へ向かう。国へ到着した後ヤーダ姫が壺の封印を解いたその時、もぐりんに乗って再び現れたばいきんまんが壺の魔法で巨大なばいきん大魔王に変身して大暴れ。果たしてアンパンマン達は大魔王を元のばいきんまんに戻し、壺を取り戻してヤーダ姫の祖国を蘇らせられるのか…？