Nach einem Terroranschlag kämpft die Menschheit um ihr Überleben, auch die Geschwister Kiyoko und Tatsuya Madoka. Die beiden müssen vor ihren Gläubigern fliehen, da sie ihre Schulden nicht bezahlen können und sich die finsteren Gestalten das Geld anderweitig wieder holen wollen. Und so flüchten sie in den nächtlichen Regen hinein auf der Suche nach einem sicheren Versteck. Sie verkriechen sich in einem alten verlassenen Haus. Doch sind die beiden dort nicht alleine. Sie treffen dort auf drei sehr ähnlich aussehende Typen, die allerdings einen recht netten Eindruck machen und dafür sorgen, dass die Geschwister nicht mehr länger verfolgt werden.
We first learn of the state of the world thanks to a narration by Tatsuya. Also we meet the main characters Tatsuya and Kiyoko who are on the run from debt collectors. We also are introduced to Sex, Octo and Novem. The first three of the Gilgamesh we meet. We also see the heaven's gate facility for the first time.
Une dizaine d'années a passé depuis l'explosion appelée Double X, qui s'est produite à la Porte du Paradis, le centre de recherches des ruines d'Uruk au Proche-Orient. Double X, la pire catastrophe de l'histoire de l'humanité. Suite à une anomalie du magnétisme terrestre, le ciel est désormais recouvert d'un miroir, le "ciel-abri". Les appareils électroniques, à commencer par les ordinateurs, sont devenus inutilisables. La civilisation de l'information s'est effondrée. Tatsuya et Kiyoko, les enfants du Dr Terumichi Madoka, le responsable de Double X, ont hérité des dettes colossales laissées par leur mère et leur vie se résume à fuir leurs créanciers. Alors qu'ils s'abritaient de la pluie dans un manoir, Tatsuya et Kiyoko rencontrent trois étranges jeunes garçons. L'un d'eux leur demande: "Ne voulez-vous pas devenir nos camarades afin de combattre les démons qui s'étendent sur terre ?". C'est alors que trois mystérieux adolescents s'approchent du manoir...
