In the year of Tenpō 14, Yoi, monsters from another world attack Edo. Those who fight against them are members of Bansha Aratemesho. In public, Bansha Aratemsho is known as an organization to study foreign books. In fact, they are a organization dedicated to destroying the Yoi. These warriors are called Ayakashi. They gather information of odd events in the country, and are sent to destroy Yoi who appear. They are generally very strange people. For example, a guy who has lost his memory, a girl who dresses like a man. They have special powers with which to beat the Yoi.
Ère Tenpô (milieu du XIXe siècle), ère de réformes mais aussi de misères et de famines. Les paysans se réfugient dans les villes comme Edo pour fuir un avenir trop incertain. Dans ces cités où ils sont appelés vagabonds, ils sont parqués dans des ghettos d'où on ne peut sortir sous peine d'être emprisonné , voire exécuté en cas de récidive.
Yukiatsu Ryûdô est l'un de ces vagabonds. En cachant son identité, il mène une petite vie paisible jusqu'au jour où son passé le rattrape. Fils de samouraï, il a été témoin dans son enfance de l'existence d'un autre monde, et son passage dans celui-ci lui a conféré un pouvoir : l'Ayakashi, la possibilité d'utiliser la force des kanjis. Ce pouvoir le désigne pour être le leader naturel du Bansha Aratamesho, une organisation qui lutte contre les Youi (démons à forme humaine), devenant ainsi un Ayashi.
此時為天保14年。為培里提督的黑船來到的10年前。有一種被認為從異界過來有着骨肉的怪獸「妖夷」(ようい)正存在於這個世上。為了對付這種怪物,於是一個被叫作「蠻社改所」(ばんしゃあらためしょ)的組織的成員們,皆被冠上了「奇士」(あやし)的稱號來消滅這群怪物。