Die Flüchtlinge auf Dejima haben sich gegenüber Japan für unabhängig erklärt und sich Waffen besorgt. Das Einsatzteam von Sektion 9 landet auf der Insel, die von der Polizei abgeriegelt wurde, um Hideo Kuze festzunehmen und so möglicherweise die Lage zu entspannen. Während ein Teil des Teams das Flüchtlingslager auskundschaftet, versucht der Major in Kuzes Cyberbrain einzudringen und seinen Aufenthaltsort zu bestimmen, stößt dabei aber auf unerwartete Probleme und wird kurzzeitig außer Gefecht gesetzt. Gemeinsam stößt das Einsatzteam zu Kuzes vermeintlichem Aufenthaltsort vor, einem getarnten Hafen im Nordosten der Insel. Dort geraten sie in einen Hinterhalt und Yano, eines der neuen Mitglieder von Sektion 9, stirbt. Major Kusanagi erkennt, dass sie einen Fehler gemacht hat: Kuze befindet sich nicht auf Dejima, sondern in Russland, wo er Plutonium kaufen will.
Despite close scrutiny by the authorities, the Dejima refugees declare their independence. Kuze is suspected to be the mastermind behind this new resistance and Section 9 is sent to detain him.
The Major hacks into the refugee cyberbrain hub and easily locates Kuze. When the team rushes to capture him, however, they find themselves in the middle of a trap.
Alors que les réfugiés asiatiques de Dejima déclarent leur indépendance, la section 9 se rend sur l'île pour tenter de capturer Kuze qui devrait s'y trouver.
La situazione è appena precipitata: i rifugiati dell'area di Dejima si sono dichiarati regione autonoma. Che brusco risveglio dagli episodi precedenti, eh?
並列化した招慰難民達の行動は、自治区宣言へと拡大した。これに対し草薙は、クゼを確保すべくハブ電脳へとダイブする。だが、潜伏場所を急襲した9課を予想し得ない事態が待ち受けていた!
초위 난민들의 동일화 된 행동은 자치구 선언으로 확대되었다. 쿠사나기는 쿠제를 체포하기 위해서 허브 전뇌로 다이브한다. 하지만 쿠제의 잠복처를 급습한 9과 앞에 예기치 못한 사태가 기다리고 있었다!
En la isla de Dejima, una crisis se está desarrollando. Los refugiados han declarado su independencia de Japón en un esfuerzo por crear una región autónoma que puedan llamar suyo. La Agencia de Inteligencia del gabinete está explotando la situación en un esfuerzo para avivar las llamas del separatismo, con Goda prometiendo dar Kuze "su mejor guión".