Motoko returns from a mission abroad to discover that her commanding officer has been murdered--and no one but Aramaki seems interested in doing anything about it.
2027年6月。戦禍の爪痕癒えぬニューポートシティで、兵器売買の収賄容疑の掛った男が銃殺される事件があった。雨烟る中、その男の電脳を求め軍人墓地を暴く公安の荒巻大輔の背中に冷たい銃口を向けたのは、殺された上官の容疑を晴らそうと動く陸軍義体化部隊・501機関の草薙素子だった。彼女をかつての同僚の爆殺事件の犯人と疑い付け狙う「眠らない眼」を持つ男バトー。娼婦殺人事件を捜査する新浜県警の刑事トグサ。それぞれの捜査が陰謀の裏に深く埋められた真実を暴きはじめる――。
Motoko regressa de uma missão no exterior para descobrir que o seu comandante foi assassinado e só Aramaki parece interessado em fazer alguma coisa.
Motoko revient d'une mission à l'étranger pour découvrir que son officier supérieur a été assassiné - et personne, à part Aramaki, ne semble vouloir faire quoi que ce soit.