Cowen e Stinger rivelano la loro natura di Invasori: dopo aver massacrato il Consiglio di Sicurezza delle Nazioni Unite scagliano sul Giappone una terribile bomba a Raggi Getter.
Sul campo di battaglia Saotome si trova faccia a faccia con i suoi due ex allievi per un confronto sull'accaduto ma l'attacco improvviso di un invasore disperde i presenti, e il dottore precipita nel vuoto.
Benkei riesce ad avvisare i compagni dell'arrivo del missile così Ryoma, Hayato e Go salgono a bordo dello Shin Getter che si lancia nello spazio per intercettare il missile. Musashi a bordo di un Getter-3 recupera il prof. Saotome e combatte l'Invasore ma perde la vita nell'impresa. Benkei prende Genki, il figlio autistico di Saotome, e corre assieme agli altri sfollati verso i rifugi sotterranei. Lo Shin Getter Robot tenta di distruggere il missile, ma viene ostacolato quanto basta da Cowen e Stinger: il missile esplode, scatenando un olocausto sulla Terra e contaminando l'intero pianeta con le radiazioni dei Raggi Getter.
異常なゲッターエネルギーに反応し、国際機密連合より発射された巨大ミサイル。インベーダーの襲来や早乙女の陰謀、巨大恐竜の出現の全てを知っているようなコーウェンとスティンガー。全てが彼らの仕組んだ罠の如く、浅間山には重陽子ミサイルが迫っていた。竜馬たちは真ゲッターでミサイルの爆破を阻もうとするが…。