Genocyber is on a rampage of destruction. It is revealed that for 100 years, humanity has been waging a desperate and hopeless war against Genocyber, which has decimated the Earth.
La tercera parte de la serie es distinta a las anteriores. Tiene lugar en un mundo postapocalíptico, en una región llamada La ciudad de Ark de Grande. La tierra ha estado sometida al ataque del Genocyber durante 100 años. La pequeña Elaine no aparece mucho en este episodio, pero se sabe que Genocyber, después de mucho tiempo de luchar, comprendió que no había lugar en el mundo para su poder, y decidió entrar en una especie de estado vegetativo. La historia sigue a una pareja, Ryu y Mel, quienes viajan para buscar una cura a la ceguera de Mel. Ryu encuentra trabajo en el bajo mundo. Durante un espectáculo de lanzamiento de cuchillos, es vendado y obligado a matar a un hombre. Esto hace que después sea perseguido por los policías de la ciudad, lo que le obliga a huir con Mel hacia las afueras de la ciudad, donde caerán en un refugio subterráneo en el cual se encuentra el Genocyber.
Genociber está numa onda de destruição. Revela-se que durante 100 anos, a humanidade tem travado uma guerra desesperada e sem esperança contra Genociber que dizimou a Terra.
半世紀にわたったジェノサイバーとの戦いは、九竜グループの壊滅と共に人類側の敗北で終わった。集合都市国家アークド・グランは一見平和な街だったが、市長グリムソンによる独裁国家であった。いわれなき罪をかぶせられて地下街へと逃亡したリュウとメル。行き場を無くした2人の怒りがジェノサイバーを呼び覚ます!!