西条唯(松岡茉優)の家に、10年前に亡くなった父親・西条真(堀部圭亮)の遺品が送られてきた。そのほとんどが仕事に関するものだったが、手帳に「カッパの真ん中 605」という謎の書き込みを見つける。それは真の死亡日・9月10日の欄に記載されていた。書き込みの意味が分からない西条は、吉良ます美(田中みな実)と基山伊織(滝沢カレン)に話をする。9月10日は西条が実家で過ごす最後の日で、翌日から一人暮らしを始める予定だった。真は最後に「特別なプレゼントを用意する」と言い残していた。真の気持ちが理解できない西条。 一方、芹沢直樹(中村蒼)は小鳥遊署管内で発生した空き巣事件を捜査していた。盗まれたのは歯ブラシだけのようだ。立て続けに同じ手口の事件が起こり、そこではうがい用のコップだけが無くなっていた。 西条が被害に遭った住宅を調べたところ、侵入口付近にあったのはオランウータンの足跡だった。報告を芹沢らに笑われた西条は、吉良と基山を連れて大学の動物行動学研究室へと向かう。不在の教授に代わって応対する大学院生の今野勇気(猪塚健太)に、西条はオランウータンに空き巣の犯行が可能かと真剣に尋ねる。 その頃、杉田翔(泉澤祐希)らは爆破事件の鑑識作業をしていた。被害は小規模なものだったが、島根太一(マギー)は爆弾に付いていたマークが気にかかる。様々な謎が絡まり合う中、「ギークス」による最後の推理が始まる…!