Clain and Nessa are taken to a village that is the headquarters of "Lost Millenium", an organization that is rebelling against the Fractale System. Soon after, Clain is caught up in a vicious confrontation between the rebels and the priestesses, where he meets Phryne again.
Clain e Nessa sono portati in un villaggio che è il quartier generale del "Lost Millennium", un'organizzazione che si ribella contro il sistema Fractale. Poco dopo, Clain è coinvolto in uno scontro feroce tra i ribelli e le sacerdotesse, dove incontra nuovamente Phryne.
フリュネを追っていたエンリにネッサと共に捕らわれてしまったクレイン!連れてこられたのはフラクタルシステムに頼らない生活を送るロストミレニアムの人々が住むグラニッツ村だった―。旧時代のものがあふれるその村にビンテージ好きなクレインは興味津々、好奇心を抑えきれない。自分が今まで知らなかった世界がクレインの前に広がってゆく。リーダーのスンダはどうやらクレインがフリュネの行方を知っていると考えているよう。
そんな中スンダ達はフラクタルシステムに大きく関係のある「星祭り」襲撃を企てていて…。
클레인과 넷사는 엔리에게 인질로 붙잡혀 엔리의 본거지인 그라닛츠 마을로 잡혀간다. 그런데 프랙탈 이전의 모습을 그대로 간직하고 예전 방식대로 살아가는 모습을 보고 깜짝 놀란 클레인. 이 곳은 바로 프랙탈 시스템을 붕괴하고 자유를 찾으려는 로스트 밀레니엄의 하부 조직이었는데...