警方收到有關毒品交易和運輸軍火的兩個情報，但地點和時間相同，警隊多個部門合力拆解，在現場搜獲無人導彈潛艇，懷疑事件與國際犯罪組織有關。事後處長計劃集合警隊的精英成立特殊團隊應對，由飛虎隊的駱家成帶領。
成挑選棟、龍、然、楠、敏加入正規編制以外的特殊小隊—Ａ隊，首個任務是調查無人導彈潛艇案。棟從閉路電視片段成功找出目標，敏跟蹤時卻差點被發現；龍到物流公司向飛套問線索不果；後經軍情六處確認，目標是叛諜。
灣仔發生槍戰，龍等人先後趕到現場，唯Kyle逃脫；事後他突然自首提出請求，遭警方拒絕。業約見成和棟，二人對槍戰一事三緘其口。華一家遭俄國特工抓走，飛趕去營救不果。榮接到命令要遣返Kyle，讓飛虎隊做好押送工作。
國棟嘗試喚醒Kyle的良知，Kyle臨走前暗示國棟經過特工訓練，一旁的文龍對國棟身分起疑。最後Kyle留下一串數字，國棟等人得以找到一個地下軍火網站。家成通知大家，A隊將暫時收編到飛虎，繼續進行秘密行動。
文龍想讓浩然重拾槍械，但浩然始終擺脫不了對開槍的陰影。國棟回英國探望父母，昔日好友邀他回軍情六處，但他拒絕了。家成要求國棟保護網上線人回港，兩人以香味為記號，在舊生聚會上接觸，國棟亦在聚會上重遇皓月。
家成取得可靠情報，有恐怖分子打算以香港作為軍火買賣基地，涉嫌盜用市民信用卡資料網購軍火，借用物流公司運送拆散的軍火組件。飛虎隊遂火速展開行動，阻截大量金屬球軍火流出市面。
國棟、文龍和浩然合力阻截罪犯的車輛駛進市區，展開連場追逐戰。敏儀父母回港居住，處理公司上市事宜，原來其父歐陽正回港另有原因。文龍安排嘉楠做神秘嘉賓慶祝乾媽蘭姨六十大壽，嘉楠離席後對文龍獻吻，表達愛意。
永飛在蘭姨生日當晚致電她卻沒說話。線人TOM向家成求救，在家成等人到達時被擊斃，家成等人與狙擊手展開槍戰。正吩咐瑩叫永飛跟日本人交易毒品藍夢，永飛將消息通知關Sir。文龍探望蘭姨後見嘉楠，嘉楠勸他放下過去。
飛虎隊到國棟家裡聚餐聯誼，志強知道了文龍原來是章明的兒子。聯義幕後老闆命永飛跟日本毒販進行交易，重案組與飛虎隊聯合行動，瑩懷疑永飛出賣老闆，國棟突然出現，永飛趁亂逃脫，國棟亦取得永飛皮膚上的條碼紋身。
敏根據條碼追蹤到交易帳戶，時瑩已搶先一步更改連結。飛要求復職被拒，始知自己是線人而非臥底。為了逼飛現身，瑩以蘭要脅，飛託龍救母，唯蘭仍告重傷，飛束手就擒，龍、棟分別前往營救，成則帶領飛虎隊整裝待發。
龍和棟進了干擾區而一度失聯，幸好最後仍成功將飛營救，唯龍中了槍，飛的雙腿亦受重傷。歐陽正找溫海利用傳媒製造輿論，逼處長回應飛的身分，阿關為自保，竟向傳媒宣稱飛並非臥底。
浩然派人跟蹤溫海，但被發現，歐陽正也察覺出異常，和溫海保持距離。家成承諾會幫永飛，但他心灰意冷，隨後文龍給他看蘭姨的錄影，終於勸服他肯重新振作。Sam決定親自去香港調查，誰料回家竟發現父母被脅持。
警方在墮樓案死者體內發現高濃度吐真藥，懷疑與特工有關；死者女友Jean是阿棟的舊同學，阿駱得到處長批准暗中調查。一晚阿棟回到案發現場時發現有人，一名女特工就擒，其後在接受盤問時身亡，處長命令停止追查。
正問海關於成的事情；保安局局長與榮商討處理特工死亡之事；飛出院前向蘭姨傾吐心聲。Jean用Jimmy帳號登入遊戲，神秘人留言，棟請然幫忙找出此人。Jean與Robert接頭後跟棟見面，互訴秘密。然想調回前線，但婷反對。
月遭俄國特工追蹤，求助於棟，棟在槍戰期間受傷，然將特工擊斃；榮因事件造成死傷受到上級壓力，Ａ隊被迫解散。榮與成在醫院見面被偷拍，海懷疑警隊有特別小組。正邀強合作做生意，強婉拒，正不悅，突提起萊之事…
學榮和家成找到辦法讓永飛回去警隊，但首先要證明永飛真的是臥底，阿關卻拒絕幫忙。永飛雙腿失去知覺，自暴自棄，嘉楠終於來見他，並叫他不要放棄。國棟對當年的軍火走私案和章明的死有所懷疑，向逸敏打聽文龍的事。
飛跟龍和楠談過後，決定不再自暴自棄，好好的重新做人。賀進在慈善拍賣酒會上高調競投，引起了歐陽正的注意，遂找溫海暗中調查賀進的底細，然而賀進身分、背景都相當神秘，海言談間更提及偷拍到敏儀與家成交往。
歐陽正旗下公司收到恐嚇，股東要他回來解決，他找到志強告知天萊可能沒死。文龍找國棟談當年史密夫案，但國棟並未查到有用證據，文龍更懷疑父親的死和志強有關。Sam告訴布朗自己轉做攝影師,暗中拍下他和家成照片。
文龍鍥而不捨調查志強，逸敏發現龍父的軍牌刻字有玄機。棟母病發入院，志強把當年與龍父和歐陽正的事告知國棟；一幫僱傭兵到醫院找志強，志強為保護家人而自投羅網。林慧突然叫敏儀逃到美國，敏儀離家前給家成留言…
進以慧和儀的安全要脅正把財產轉到慧名下，正向成暗示慧和儀被人抓走。龍想打開父親的銀行保險箱，為沒有搜查令而苦惱。正要Ryan一天內幫他把資產套現；Sam向棟提出合作調查進。進說出自己是萊，強告訴他斌已死。
為救出人質，成向榮提出重組Ａ隊，並邀請飛加入行動。正想利用警方對付萊，萊嚴陣以待。龍和敏打開了明的保險箱，通過當票找到一張四千萬的本票。成和布朗採取雙指揮戰術拯救人質，正單刀赴會，萊趁機清算當年的帳…
飛虎隊成功救出敏儀等人，賀進殺了歐陽正並且逃脫，志強則為當年的事自首。文龍與逸敏正式交往，被嘉楠看見，文龍坦言從來沒喜歡過嘉楠，但是兩人永遠是好朋友。Sam告訴國棟志斌還活著，而且被俄國特工盯上了。
國棟為了尋找弟弟的下落，找來浩然幫忙，浩然答應幫忙及保密，但提醒國棟向他透露弟弟下落的人甚有可疑。敏儀在父親死後傷痛欲絕，醫生指她患有創傷後遺症，她決定跟媽媽到美國暫居，只好無奈跟家成暫時分開。
一個自稱是志斌朋友的人致電國棟，告訴他志斌等人研發的晶片相當危險，所以各國特工才要抓他們。上級對Sam施加壓力，Sam以Jean父母相要挾要她繼續執行任務。Jean在國棟家中翻查一無所獲，離開時竟見國棟人在門外。
家成向學榮彙報有人企圖攻進Ａ隊主電腦，而黑客來自全世界，最壞的打算是要跟軍情六處正面交鋒。逸敏發現Ａ隊主機裡有隱藏程式，浩然帶領眾人抵抗對方追蹤。家成得悉志斌尚在人世，國棟打算經線上遊戲相約志斌見面。
慧拒絕跟進離開而被殺。英國特工與進帶著的僱傭兵為搶奪斌而展開槍戰，進把斌抓走，並認出斌，棟負傷逃離。保安局啟動緊急應變機制，成當上副處長，成為臨時總指揮調查事件。Sam任務失敗，查出潛伏的雙重間諜是Kevin
成替棟處理傷口，令棟脫險。芳病逝，眾人難過。儀接連失去雙親深受打擊，醫生建議她離港。萊得知斌的秘密，為了救斌，答應成引出恐怖分子；成想通過斌將各路人一網成擒，棟答應配合行動，但要龍殺Sam，龍一口拒絕。
國棟為了讓Sam答應救志斌，只好兵行險著，向皓月開槍。雖然文龍趕到現場接應，但皓月術後仍昏迷不醒。Sam透過衛星系統找到志斌的位置，賀進答應救出志斌後，晶片歸Sam。此時，志斌利用偷來的手機悄悄聯絡上國棟。
Jaser痛打天萊，揚言志斌若無法完成晶片，會送其去無人島。家成請處長幫他拖時間，以搜集軍情六處在港執行任務的證據。志斌找機會傳定位給國棟，家成讓國棟通知Sam前來。一番混戰後，Sam受傷，志斌獲救，天萊逃脫。
家成希望獲特首授權到領事館進行交涉保護志斌，特首顧全人類安全而答應。朱議員和溫海利用浩然的妹妹獲得證據打擊警隊特別小組，特首要求解散Ａ隊。家成安排志斌拍片公開一切，接著志斌被抓走，而要抓他的人竟然是…