Für Flipper scheint die letzte Stunde geschlagen zu haben, als er in Verdacht gerät ein wichtiges Versuchstier gefressen zu haben. Denn der Fisch um den es geht, ist hat einen Atomversuch auf dem Eniwetok-Atoll überlebt und soll nun von den Forschern, die auf einer Insel im Coral Key Park arbeiten, beobachtet werden. Als der Fisch verschwindet, gerät Flipper in Verdacht ihn verzehrt zu haben und soll nun seziert werden um das Studienobjekt so noch zu retten. Doch der wahre Dieb ist einer der Forscher selbst...
Flipper's days are numbered when he is accused of eating a prized fish worth a lot of money. Just as Flipper is to be cut open to retrieve the fish, Bud and Sandy discover it has been stolen by Jim and race to prove their pet's innocence in before it's too late.
