第三次世界大戦により戦闘に特化した「戦術人形」が普及した未来。大手軍需企業「鉄血工造」の戦術人形が突如人類へ反旗を翻した。民間軍事会社「G&K(通称グリフィン)」所属の戦術人形「M4A1」たちAR小隊は、極秘任務を受けて敵地へと潜入するが、そこに現れたのは鉄血の戦術人形「エージェント」だった──。
鉄血の「エージェント」に勝利した「M4A1」たちだったがグリフィンの支援小隊は全滅し、仲間も散り散りになってしまう。同じ頃、グ リフィン前線基地に着任した新人指揮官ジャンシアーヌは初任務を終え、人形たちと交流を深めていた。だが鉄血の新たな刺客 「スケアクロウ」が現れ、平穏は終わりを告げる──。
I.O.P.社の技術開発部16Lab主席研究員ペルシカからの「M4A1」救出依頼を上層部より任されたジャンシアーヌは、彼女がいると思われる座標へ戦術人形たちを派遣する。一方、任務遂行とAR小隊の仲間を救うべく孤立しながらも隠れ続けていた「M4A1」は、鉄血のハイエンドモデル「エクスキューショナー」と遭遇してしまい……。
再会した「ST AR-15」と「M4A1」は奇妙な会話を繰り広げる。 戦場では「アルケミスト」の策略により、ネゲヴ小隊が窮地に追い込まれていた。 その硝煙と感情の渦巻く少女たちの前線においてジャンシアーヌは厳しさを増す状況に苦悩し、それでも信じて抗い続ける戦術人形たち。 そこに一発の銃声が響き渡る――。