After the events of 02, everything is finally getting back to normal. That is, until a strangely familiar icon starts showing up on computer systems around the Japan. And not just computer systems... TVs, mobile phones, video games; anything with a screen with online capabilities. And this icon seems to be looking for someone... Yagami Taichi, and Ishida Yamato, who defeated it several years before. Yes, it turns out that this jellyfish digimon is in fact Diablomon, the Virus-type Digimon that was defeated in the second movie. But this time, he's learned to make himself physical, and is sending thousands of copies of himself into the real world.
Koushiro and Ken devise a plan to rid the world of the virus once and for all, but it'll take the help of all the Destined, past and present. Once again, it's a race against time to put a stop to Diablomon's plot... but even that is cloaked in shadow.
Es stellt sich heraus, dass Diablomon gar nicht von Omegamon vernichtet wurde. Er ist wieder da und schickt zugleich Kuramon in die reale Welt. Zudem verbreitet er private Bilder von Yamato und Taichi in der Cyberwelt, weswegen sich auch die beiden in die Cyberwelt aufmachen, um mit Omegamon zu reden, während die jüngeren Digi-Ritter sich mit dem randalierenden Kuramon beschäftigen. Es schien, als ob dank der Hilfe von Angemon, Angewomon, Omegamon, Takeru und Hikari es tatsächlich gelungen wäre, gemeinsam Diablomon erneut zu besiegen, doch dieser Schein trügt. Das stellte sich nämlich nur als eine weitere Falle Diablomons heraus, um noch mehr Kuramons in die reale Welt schicken zu können. Der Höhepunkt sollte aber noch in Form von fusionierten Kuramon kommen, welche nun zur ultimativen Evolutionsstufe Armagemon digitiert sind, welcher sogar die Power von Omegamon und Imperial Dramon in den Schatten stellt. Was können die Kinder noch tun, um das Schlimmste zu verhindern?