Der erste Teil erzählt die Geschichte des Nil aus der Sicht der Alten Ägypter und zeigt, welchen Einfluss dieser Fluss auf die Hochkultur hatte. Mit Hilfe aufwändiger 3D-Animationen und Nachinszenierungen wird die Zeitreise für den Zuschauer zu einem eindrucksvollen Erlebnis. Wir reisen 4.000 Jahre zurück in die Vergangenheit, um die Geschichte der großen Flut zu erzählen. Der Film erklärt, warum die Ägypter trotz ihrer Kultiviertheit auf Gedeih und Verderb dem Nil ausgeliefert waren. Die jährliche Flut war das Lebenselixier Ägyptens. Jedes Jahr verwandelte sie eine ausgedörrte, öde Landschaft in eine der fruchtbarsten Gegenden Afrikas. Große Städte entstanden in der Wüste. Doch trotz seiner Fruchtbarkeit und seines Reichtums wurde das Land immer wieder von Hungersnöten, Plagen und Seuchen heimgesucht. Heuschreckenschwärme konnten die Zivilisation in die Knie zwingen. Das alte Ägypten brachte eine hoch entwickelte Kultur hervor, in der Diesseits und Jenseits eng miteinander verbunden waren. Vielen Tieren wurde - wie dem Fluss - eine übernatürliche Bedeutung zugemessen. In keiner anderen Kultur existierte jemals solch ein enges Band mit der Natur.
Die jährlich wiederkehrende große Flut bringt nicht nur Wasser in die ausgedörrte Wüste, sondern auch die unglaubliche Menge von 140 Tonnen fruchtbarer Vulkanerde - Grundlage für eine reiche Tier- und Pflanzenwelt. Aber die Alten Ägypter hatten keine Vorstellung, woher die Flut kam. Sie dachten, die Götter schickten jährlich diese lebenswichtigen Gaben. Heute lässt sich das Rätsel lösen. Im zweiten Teil führt die Reise entlang des Weißen Nils zu den rätselhaften Sumpfgebieten des Sudd und entlang des Blauen Nils bis zum Äthiopischen Hochland. In Khartum vereinen sich die beiden Flüsse zum Nil und sind nun stark genug, um eine weit entfernte Wüste zum Leben zu erwecken.
Der dritte Teil erzählt die Geschichte der großen Forscher, die Mitte des 19. Jahrhunderts nach dem Ursprung des Nil suchten. Nur mit einem Kompass und lokalen Führern ausgestattet, machten sich hartnäckige Abenteurer wie Burton, Speke, Livingstone und Stanley auf die Suche. Schweiß, Anstrengung, Krankheit, Mühsal und Entschlossenheit bestimmten ihr Leben. Sie erklommen Berge und überquerten donnernde Wasserfälle. Ohne Karten hatten sie keine Vorstellung, was ihnen bevorstand: ein riesiges Labyrinth aus zusammenhängenden Seen, Sümpfen und Flüssen, gesäumt von Wäldern. Keiner wusste, wo sich die Quelle befand. Auszüge aus den Tagebüchern der Forscher geben einen einzigartigen Eindruck ihrer Erlebnisse, ihrer Ängste, Enttäuschungen und Entdeckungen. Das Filmteam reist auf den Spuren dieser legendären Forscher durch die Dschungel und Sumpfgebiete des tiefsten Afrika bis zu den Wasserspeichern im Äthiopischen Hochland und wird sozusagen Zeuge, wie Henry Morton Stanley schließlich das Rätsel löst.