入試に合格して亜衣や凛と同じ大学に通い始めた門出と凰蘭は、竹本ふたばや田井沼マコトという新しい友だちもでき、尾城先輩が会長を務めるオカルト研究会に入ることに。一方、宇宙からの侵略者は東京各地で目撃され、自衛隊が駆除活動を繰り広げていた。上空の母艦は傾いて煙が立ち上り、政府転覆を狙って侵略者狩りを続ける過激派グループ「青共闘」も暗躍。世界の終わりに向かってカウントダウンが始まるなか、凰蘭は不思議な少年・大葉に再び遭遇する。
A large spaceship appears over Tokyo three years before the story starts. A one-sided war against the seemingly harmless aliens ensues, sparking controversy and pacifism. Despite this unique and tragic event, high school girls Koyama Kadode and Nakagawa Ouran behave as if nothing has changed. They live their days like they always have. The focus of this story is not the alien invasion, but human nature, dialogue, growing up, and life.
