日本が誇る大病院を鬼のお面を被った“武装集団”が占拠した…! 医師・職員が人質となる中、休職中の捜査官・武蔵三郎(櫻井翔)が事件に立ち向かっていく。 その人質の中には、妻の姿も。犯人たちの目的とは!? 息詰まる頭脳戦&体力戦の果て、徐々に明らかになる占拠の理由…。 凄腕の捜査官と病院関係者たちが武装集団に立ち向かう姿を描いた、ノンストップ籠城サスペンス!!
武蔵(櫻井翔)は自爆型ドローンの追撃を振り切り、病院のエアダクトに逃げ込む。現場指揮本部のさくら(ソニン)から、エアダクトがICUにつながっていることを無線で伝え聞いた武蔵は、エアダクトの中を進んでいく…。 一方の鬼たちは、動画配信チャンネル『百鬼夜行ちゃんねる』を開設。登録者数は瞬く間に増えていき――。 武蔵の運命は!?鬼たちの暴走が加速する怒濤の第2話――!!
次なる標的は医師・土佐大輔(笠原秀幸)。時間までに土佐の罪を明らかにしなければ命はない。残された時間はわずか。武蔵(櫻井翔)は急ぐ。 『百鬼夜行ちゃんねる』登録者数は約30万人に到達。 一方、閉じ込められたままの裕子(比嘉愛未)は、看護師のしおり(呉城久美)が病を患っていることを知り、彼女を解放してほしいと鬼に訴える。 武蔵と青鬼の息をのむ交渉バトル! そして早くもあの鬼の素顔が明らかに!
爆発に巻き込まれた武蔵(櫻井翔)は廃ビルから現場指揮本部に引き返すが、青鬼との交渉再開時刻にわずかに遅れてしまう。青鬼は裕子(比嘉愛未)の頭に銃を突きつけ――。 さらに青鬼は、人質の中から知事・長門(筒井真理子)を選び、ある医師の死の真相を突き止めなければ知事を殺すと宣告。やがて武蔵はある駆け引きを鬼に提案し、再び青鬼と相まみえることになる。しかし、実はそこには大きな狙いが潜んでいて…。
武蔵 (櫻井翔) の娘・えみり (吉田帆乃華) が鬼に拉致された。どこかの冷凍庫に閉じ込められ、一刻も早く救い出さないと命が危ない…必死の追跡が始まる! その頃、裕子 (比嘉愛未) は意識不明の佐渡 (阪田マサノブ) を助けるため、オペ経験のある看護師を病院に派遣してほしいと県警に要請。そんな中、因幡 (明日海りお) がついに鬼の映像を公開して――。鬼全員の正体が明らかになる驚愕の第5話――!?
武蔵(櫻井翔)は界星堂病院の院長・播磨(津田寛治)が犯した罪を暴くため、ホテルオシマに潜入する。指定した時刻までに明らかにしなければ、播磨の命はない。一方、裕子(比嘉愛未)は鬼に扮していた常陸(水橋研二)と亜理紗(浅川梨奈)から「ある作戦」の協力を求められ…。因幡(明日海りお)が青鬼に決死のインタビューを行う。そして、警察内部に新たな「鬼」が!?真実が徐々に明らかに…「鬼退治篇」開幕!
武蔵(櫻井翔)は爆弾が仕掛けられた取調室で、界星堂病院の院長・播磨(津田寛治)を取り調べる。ホテルオシマで死亡していた3人の死因を、播磨はなぜ隠蔽したのか…!? 鬼たちは総力を挙げてSISの排除に動き出す!一方、シェルター内の裕子(比嘉愛未)は、モニターに「ある表記」を見つける。 そんな中、県警本部長の備前(渡部篤郎)が記者会見を行う。そして、鬼たちを深い悲しみが襲う。更に、人質内にも「鬼」が…。
武蔵 (櫻井翔) は何者かにハメられ、院長・播磨 (津田寛治) を殺した疑いをかけられてしまう。真相を知る青鬼・耕一 (菊池風磨) から、「真犯人は警察内部にいる」と教えられた武蔵は、疑惑を晴らすために署から逃走。一方、県警本部の備前 (渡部篤郎) は武蔵を鬼の協力者と断定し、さくら (ソニン) に武蔵の確保を命じる。さくらは苦渋の決断を下す…! 逃げる武蔵! 追う県警! 決死の大逃走劇の末に、武蔵が掴んだ真実とは。
武蔵 (櫻井翔) が紫鬼の相模 (白洲迅) と対峙する中、青鬼・耕一 (菊池風磨) は県警に最後の要求をする。「病院にまつわる全ての罪を明らかにしなければ、知事を殺します」武蔵はある作戦を立てることに。さくら (ソニン)は知事の意をくみ、要求には応じないと決断。そんな中、長門 (筒井真理子) と共に病院地下4階で拘束された裕子 (比嘉愛未) は、ここが何かの研究施設であることに気付く。最終回直前! 鬼達の本当の狙いが明らかになる!
武蔵 (櫻井翔) が人質救出に向かう中、青鬼・耕一 (菊池風磨) は、愛する人の命を優先する自分の正義と1億2000万人の命を優先する長門 (筒井真理子) の正義、どちらが正しいと思うか国民に投票を呼びかけた。耕一と赤鬼・美作 (忍成修吾)、黒鬼・みさき (ベッキー)、P2計画の犠牲になった琴音 (上西星来) との間には、特別な絆があった。すべてが明らかになる、愛と悲しみの最終話!