目立ちたい咲耶、不器用なネム、怖がりなシャオラン。 現代を生きる、忍者3人のドタバタ修行が今、はじまる！
修行に励むネムとシャオランの傍らで、咲耶はアイドルオーディションに出かける。 そこに咲耶の祖父、岩爺が現れ・・・
シノビーマートのバックヤードで口寄せの術の修行に励む咲耶・ネム・シャオラン。 そこで、甲賀が守り続けてきたクリプト絵巻を発見する。
ついに岩爺から咲耶たちに初めての任務が下される。おつかいのような内容に文句を言いながらも早速任務に出発した3人だったが・・・
初めての任務は風魔シティへの届け物。 道中咲耶に振り回されながらも、3人はなんとか目的地へ到着。アトザの自宅で見たものとは・・・
到着した風魔シティのアトザの自宅は、異様な雰囲気に包まれていた。 物々しい空気の中、3人はアトザを探すが・・・
濡れ衣を着せられた咲耶・ネム・シャオランは、風魔忍者に追われることに。 追い詰められた3人の前に現れたのは・・・
狐白の登場よって窮地に追いやられた咲耶・ネム・シャオランの前に、岩爺が現れる。甲賀のリーダー、岩爺の能力が明らかに！
はじめての任務に失敗した咲耶たち。岩爺は、過去の戦、そしてこれからはじまる戦について語り始めた。
シノビマートから変形した巨大な甲賀要塞。そこに攻め込んできた敵と岩爺の間で、異色バトルが繰り広げられる。
咲耶をかばって深手を負ってしまう岩爺。強敵弁天を前に咲耶たちは危機を乗り越えることができるのか・・・
岩爺がフクロウになって戻ってきた。落ちこぼれだった3人が厳しい修行によって立派な忍者へと成長していく。
咲耶たちの前に宿敵狐白が現れる。修行の成果が、今試される！
厳しい修行を乗り越え甲賀のクリプト絵巻を守り抜いた咲耶たち。ホッとしたのもつかの間、甲賀に忍び寄る新たな刺客・・・
伊賀の結にクリプト絵巻を騙し取られてしまった甲賀。クリプト絵巻奪還のマル秘作戦とは！？
クリプト絵巻奪還に成功するも伊賀忍者たちに取り囲まれ再びピンチに。そんな中、咲耶のとった行動とは？
咲耶たちの前に、風魔のアウンが現れる。アウンが助けを求める理由とは？
アトザから託された風魔のクリプト絵巻を守るため、アウンと共に伊賀に向かう咲耶たち。一方その頃伊賀では・・・
狐白を倒すため共同戦線を張った咲耶たちの前に、巨大な鬼が現れる。共闘忍者チームvs巨鬼の激しいバトル勃発！
弁天にすべてのクリプト絵巻に奪われてしまった咲耶たち。絵巻を奪った弁天の思惑とは？
甲賀シティに戻った咲耶たち。そこで岩爺の口から狐白の過去が語られる。 謎の風魔忍者「狐白」の正体とは？
狐白が鬼道衆に操られていることを知り、姉妹として対峙する決意をした咲耶。 咲耶の思いは狐白に届くのか・・・
咲耶の活躍によって鬼道衆の術から開放された狐白。そこに現れたのは死んだはずの・・・！？
狐白が甲賀のクリプト絵巻を鬼道衆に渡してしまった…狐白の思惑とは？ そして、４つのクリプト絵巻が揃う。
配信のコメント欄に助けられた咲耶たちは、見事クリプト絵巻の封印を解くことに成功。ついに滅びの術が発動する！？
