Sono passati tre mesi da quando Yui ha salvato ComNet e durante questo tempo la ragazza ha continuato ad assistere il professor Inukai e gli otto Virtuali nella salvaguardia della rete. Il professor Inukai mette a punto un nuovo bracciale ComCon di colore nero, più potente della versione base utilizzata fino a quel momento da Yui, che permetterà alla ragazza di trasformarsi d'ora in avanti senza l'aiuto di I.R.; quest'ultimo non la prende bene e, sentendosi messo da parte, abbandona i Virtuali e scappa. Nella confusione che segue, qualcuno ruba il ComCon nero e Yui si adatta ad utilizzare quello vecchio di Haruna, aggiornato dal professor Inukai per dare le stesse prestazioni. Synchro, nel frattempo, aiuta una bimba con un orsacchiotto smarritasi nella Rete delle Vacanze, ma improvvisamente un virus mette a soqquadro l'intero sito; lo stesso Synchro viene infettato, riassumendo di conseguenza le sembianze di Wolf. Yui, Control, Rescue (che possiede un radar in grado di localizzare il nucleo del virus) e Synchro/Wolf affrontano il virus, che però si rivela più potente del previsto, ed è solo grazie al provvidenziale intervento di I.R., che dona a Yui un Prisma della Terra, che i Virtuali risolvono la situazione. Il povero Synchro è però costretto a rimanere nel corpo di Wolf.
Han pasado tres meses desde que Yui salvó a ComNet durante el verano y la niña continuó ayudando al Profesor Inukai y a los ocho Virtualianos a salvaguardar la red.