ついに明らかになったスパイダー(満島ひかり)の正体―。愕然とする藤丸(三浦春馬)に、スパイダーは「私はずっとアナタを見ていた」という不気味な言葉を残し、その場を立ち去ってしまう。スパイダーと自分との関係を、どうにも思い出せずに苦悩する藤丸―。そして明らかになるスパイダーの真の狙い…そこにはやはり、ツァーリボンバーの影が!スパイダーの後をひとり追う藤丸のもとへ、加納(松重豊)や霧島(吉沢悠)らのサードアイのメンバーも続々と駆けつける!!
そんな中、萩原(髙嶋政宏)はついにスパイダーの過去を突き止め、その事実を藤丸に伝える。スパイダーと自分との意外な関係を知った藤丸は、その事実に唖然としながらも、決意を固めてスパイダーの待つ部屋へ…。
日本を懸けた最後の戦い―。果たして日本は、そして藤丸の運命は…!?