「ホーネット」との壮絶な戦いを制し、魔弾の射手によるサイバーテロを食い止めた藤丸（三浦春馬）。しかし、そんな藤丸に襲い掛かった新たなる敵…その人物とは、なんと藤丸のバイト先の同僚である響（黒川智花）だった…。予想外の裏切りに動揺を隠せない藤丸。ところが、そんな藤丸の危機に、行方不明となっていたはずの音弥（佐藤健）が現れ、事態は思わぬ方向に…。
逃げた響の行方を追うためにハッキングを開始した藤丸の横で、音弥はマヤからの携帯メールを受け取る。その内容は、魔弾の射手が釈放要求してきた永田三郎という人物の足取りを調べてほしいというものだった―。音弥はすぐさま藤丸に永田の足取りを追ってほしいと頼むのだが、藤丸はどこか様子のおかしい音弥に疑問を抱き始め…。
一方、九条（竜雷太）の命を受け、永田と「第三の皇帝」の関係を密かに調べていたマヤは、藤丸、音弥と合流し、ついに「第三の皇帝」の居場所を突き止める。しかし、そこで3人を待ち受けていたものとは…！？
