Lucía recibe una carta de su madre en su lecho de muerte y decide ir al Beguinato donde se encuentra. Allí descubre que su muerte no fue natural y comienza a investigar sobre ello.
En el Beguinato, tienen que elegir la sucesora de Lucrecia como Gran Dama, mientras, Lucía descubre que su madre fue envenenada y está decidida a averiguar quién la mató.
La noticia del asesinato de Lucrecia llega a los Avellaneda y las beguinas señalan a Catalina como espía. Lucía la defiende segura de su lealtad y se arma de valor para descubrir la verdad. Con ayuda de Telmo, Lucía conoce a un matón a sueldo que no pudo acabar con Lucrecia y que se suicida poco después, lo que despierta las sospechas hacia los Avellaneda. La presión de Munio hace que el beguinato pierda benefactores. Culpable, Lucía ayuda con la venta de su vestido de novia. Un gesto que la enfrenta a Rodrigo y que hace peligrar su estancia en el beguinato.
Determinada a descubrir el secreto, Lucía sigue el rastro de la enigmática correspondencia que su madre mantenía con una beguina de Lovaina. Pero la traición de Catalina al contarle a Munio los avances, frustra su investigación. Catalina se deja arrastrar por el miedo que el pueblo tiene hacia las libertas tras el ataque que sufrió Simón en la fiesta en honor a la Gran Dama. La visita de un comisario de la Inquisición y el malestar de Marie Anne que comienza a sufrir alucinaciones, suponen una presión insoportable para las beguinas. Sibila entrega a Lucía al Santo Oficio mientras Telmo promete hacer todo lo posible para sacarla de allí.
Los días en la cárcel de la Inquisición debilitan a Lucía que, tras la arriesgada visita de Telmo para confesarle su amor, decide hacer caso al consejo de Lasarte y fingir su locura para librarse del encierro. Pero, lejos de suponer su salvación, Lucía termina bajo custodia de su hermano y con la noticia del feliz enlace entre Telmo y Juana. Y es que Lebrín orquesta el matrimonio sabedor del peligro que corre su amigo sospechoso de ser judaizante. Mientras, Marie Anne y Gabriela se dejan llevar y recuperan su prohibida historia de amor.
De nuevo en casa, Lucía se centra en los escritos de su madre y descubre un mapa oculto que relaciona a Lucrecia con otros beguinatos de Europa. La investigación la mantiene alejada de los intentos de Telmo por contarle la verdad sobre su enlace con Juana. Hasta que Telmo pone fin al engaño siendo honesto con su prometida: es a otra mujer a quien ama. Juana se sobrepone al dolor e intercede para favorecer la reconciliación de la pareja. Un rayo de esperanza en un beguinato sombrío marcado por el exorcismo de Lasarte a Simón que acaba con la vida del niño
Munio interrumpe el encuentro de Lucía y Telmo y descubre que este es trabajó para los Avellaneda. Lucía busca a Telmo los días siguientes sin saber que Munio ordenó su muerte.
El pueblo estalla contra las libertas y ataca con violencia sus muros, una oportunidad que Lasarte aprovecha para encerrarlas en el beguinato con la excusa de su protección. Las beguinas, sabedoras de que Lasarte hará lo posible por llevarlas ante el Tribunal de la Inquisición, deciden escapar con la ayuda de Gabriela y de Gonzalo. Una despedida en la que Gonzalo asiste al beso de su madre y la Gran Dama. Antes de que Lucía confiese que pasó la noche con Telmo, Jimena consigue que Rodrigo ofrezca un trato a Telmo: o se aleja de Lucía, o ambos la perderán para siempre.
Las libertas son interrogadas por el Santo Oficio sin saber que Gonzalo es su principal enemigo. Por mucho que Marie Anne insista en ser la señalada y salvar así al resto, las beguinas no están dispuestas a ceder. Tampoco lo está Lucía, quien se enfrenta al rechazo de Telmo consiguiendo que el tahonero le confiese su trato con Rodrigo. Más afianzados en su amor, consiguen armar las últimas piezas del rompecabezas que les conduce al secreto de Lucrecia. Una felicidad que se ve golpeada con el anuncio de un inminente auto de fe para condenar a las libertas.
El adelanto de la boda por parte de Rodrigo provoca que Telmo y Lucía se vean obligados a huir. Pero Jimena, siempre en alerta, le transmite a Rodrigo sus sospechas y a este no le queda más remedio que poner a Lucía contra las cuerdas: como regalo de bodas, el rey salvará a las beguinas de la hoguera. Es así como Lucía se convierte en Marquesa de Peñarrosa para inmenso dolor de Telmo. Pero Gonzalo no está dispuesto a que las libertas se libren del fuego eterno y hace todo lo posible para que sean condenadas en el auto de fe.
