百年戦争終結の直前、レッドショルダー隊員として「不適格」の烙印を押された四人の兵士、キリコ、グレゴルー、バイマン、ムーザは、ペールゼンの手によってそれぞれ激戦地へと送られていた。 そして数か月……戦後に流れ着いたウドから脱出したキリコは、グレゴルーの誘いに応えてバカラ・シティを訪れた。そこで三人と再会したキリコは、ペールゼンを倒すというグレゴルーたちに同行することにする。だが、復讐を目論む三人とは異なり、キリコの目的はペールゼンとつながっているであろう秘密結社にあった。そこにフィアナがいるかもしれない、そんな期待を胸に、キリコはペールゼンと秘密結社がアジトとするデライダ高地へ向かう。 その頃、デライダ高地地下の秘密結社アジトでは、パーフェクトソルジャー第二号、イプシロンが誕生していた。そこではイプシロンをより完成度の高いPSとするための教育が行われている。その教育係となっていたのは、フィアナだ。産まれたばかりの純粋無垢なイプシロン。だが、その心にも激しい攻撃衝動が植え付けられていることに、フィアナは深い悲しみを覚える。自分たち戦闘機械に、なぜ人の心が必要なのか？ フィアナは思い悩む。しかし、ペールゼンが求めるのは、戦闘機械ではなく、完璧なる兵士であった。その野望が、かつてはペールゼンの理想をになっていたキリコと、イプシロンを対決させる運命にあることを、フィアナは知る。 やがて、デライダ高地に到着したキリコたちはそれぞれの想いを胸に、アジトへの襲撃を開始する。そこで彼らを迎撃したのは、肩を赤く染めた黒いAT部隊で